无锡Nextcode命令行实用程序
nextcode-cli的Python项目详细描述
NextCODE命令行界面
介绍。。。CLI是关于什么的，它可以做什么。在
要求
- Python 3.7
安装
最终用户安装
要安装软件包，必须运行以下命令：
$ pip3 install nextcode-cli -U
要验证安装是否成功，可以运行以下命令：
^{pr2}$显影剂安装
首先从git中提取源代码（通常是从develop到处于最前沿）。在
有两种方法可以设置CLI。我们建议您尝试以develop模式将其安装到您的系统python中，只需在nextcode cli文件夹中运行以下命令（根据您的系统设置，您可能需要sudo）
$ pip3 install -e .
如果出现任何错误，可以在nextcode cli路径中设置本地virtualenv：
$ source ./setup.sh
$ pip3 install -e .
使用此方法意味着您将始终需要在使用该工具之前执行source ./setup.sh来输入virtualenv，因此我们建议您使用第一个方法，除非您打算自己编辑代码。在
设置服务配置文件
创建服务配置文件
对于要执行的任何工作，必须定义服务配置文件。下面的例子就是一个例子，它是特定于平台开发测试的。出于QA目的，这当然是test environment依赖的！公司名称：
命令是：
$ nextcode profile add <profile-name>
按照提示输入服务器名称，然后通过打开的浏览器窗口登录。在
您也可以在没有如下提示的情况下设置配置文件：
$ nextcode profile add <profile-name> --domain=mydomain.wuxinextcode.com --api-key=<key>
首次运行CLI
安装成功后，可以在系统中的任何位置运行以下命令：
nextcode status
完成身份验证过程后，您应该能够查看工作流作业：
nextcode workflow jobs要开始熟悉sdk，可以对所有命令使用--help选项来查看有关其使用的详细信息。在
$ nextcode --help Usage: nextcode [OPTIONS] COMMAND [ARGS]... A utility for interfacing with WuXi Nextcode services. This tool allows you to communicate with the pipelines service, CSA, workflow service and GOR Query API. For all usage you will need to authenticate against the specific service profile you are using. Please look at the subcommands below for details. Options: -v, --verbose [warning|error|info] Output logs for debugging -p, --profile TEXT Use a specific profile for this command --help Show this message and exit. Commands: csa_authenticate Authenticate against CSA (for import). import Import a TSV manifest into CSA. keycloak Manage keycloak users Requires the keycloak admin... login Authenticate against keycloak. pipelines Root subcommand for pipelines functionality profile Configure server profile to use. query Root subcommand for query api functionality token Print out an access token for the current profile version Show the Nextcode CLI version. workflow Root subcommand for workflow functionality $ nextcode workflow --help Usage: nextcode workflow [OPTIONS] COMMAND [ARGS]... Root subcommand for workflow functionality Options: --help Show this message and exit. Commands: job View or manage individual jobs. jobs List jobs pipelines List pipelines projects List projects run Start a new nextflow job. smoketest Run a smoketest of the workflow service status Show the status of the workflow service
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