用于读写newick格式的python模块
newick的Python项目详细描述
python newick
用于读取和写入 Newick format。
阅读newick
- 从字符串：
>>>fromnewickimportloads>>>trees=loads('(A,B,(C,D)E)F;')>>>trees[0].nameu'F'>>>[n.namefornintrees[0].descendants][u'A',u'B',u'E']
- 从类
file对象：
>>>importio>>>fromnewickimportload>>>withio.open('fname',encoding='utf8')asfp:...trees=load(fp)
- 从文件名：
>>>fromnewickimportread>>>trees=read('fname')
写newick
与读取操作并行，有三个函数来序列化单个Node对象或list的Node。
对象为newick格式：
dumps(trees) -> strdump(trees, fp)write(trees, 'fname')
可以使用Node类的工厂方法组装树：
Node.__init__Node.createNode.add_descendant
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