nestly是一个函数集合，旨在使运行中的软件更容易选择参数。
nestl的Python项目详细描述
nestly是一组函数，旨在通过组合参数的选择来简化软件的运行。 对于参数选择的“笛卡尔积”，它可以很容易地做到这一点，但是可以做得更多——可以使用任意的“向后看”依赖项。
这里的设想是，我们取一组固定的参数，并为每个定义的组合生成一种类型的输出，然后以某种方式组合以进行比较和检索。 我们希望为反映嵌套参数选择的输出设置整齐的嵌套目录。
full documentation在readthedocs上可用。
安装
最简单的方法是使用pip：
$ pip install nestly
或者，对于master的最新提交：
$ pip install git+git://github.com/fhcrc/nestly.git@master
Python2.7是必需的。
介绍性示例
假设您想尝试以下所有可能的组合：
| Option | Choices |
| strategy | approximate, exhaustive |
| run_count | 10, 100, 1000 |
| input file | any file matching inputs/file* |
为此，我们可以写一点make_nest.py。勇气是：
nest = Nest()
nest.add('strategy', ('exhaustive', 'approximate'))
nest.add('run_count', [10**i for i in xrange(3)])
nest.add('input_file', glob.glob(os.path.join(input_dir, 'file*')),
label_func=os.path.basename)
nest.build('runs')
运行make_nest.py，您将得到如下目录树：
runs
├── approximate
│ ├── 10
│ │ ├── file1
│ │ │ └── control.json
│ │ ├── file2
│ │ └── control.json
│ ├── 100
│ │ ├── file1
│ │ │ └── control.json
│ │ ├── file2
│ │ └── control.json
│ └── 1000
│ ├── file1
│ │ └── control.json
│ ├── file2
│ └── control.json
└── exhaustive
├── 10
│ ├── file1
│ │ └── control.json
│ ├── file2
│ └── control.json
├── 100
│ ├── file1
│ │ └── control.json
│ ├── file2
│ └── control.json
└── 1000
├── file1
│ └── control.json
├── file2
└── control.json
最后的control.json读数，例如：
{
"input_file": "/Users/cmccoy/Development/nestly/examples/basic_nest/inputs/file3",
"run_count": "1000",
"strategy": "exhaustive"
}
然后创建的控制文件作为模板子副本的nestrun的输入，例如：
nestrun --save-cmd-file command.sh \
--template='my_command -s {strategy} --count={run_count} {input_file}' \
$(find runs -name "control.json")
此命令在所有tip目录中使用参数的适当值运行my_command。
这是一个“笛卡尔产品”的例子。 存储库中的“meal”示例展示了一个在嵌套之间具有更复杂依赖关系的设置。
模板
nestrun接受一个模板和一个包含变量的control.json文件列表 替代品。默认情况下，替换是使用python内置的 str.format方法。有关语法的详细信息，请参见Python Formatter documentation， 以examples/jsonrun/do_nestrun.sh为例。
SCONS集成
还有一个nestly.scons模块要与make替换SCons嵌套集成。
纸张
McCoy Co，Gallagher A，Hoffman Ng，Matsen Fa（2013）Nestly–一个运行具有嵌套参数选择和聚合结果的软件的框架。生物信息学29:387-388。pubmed
许可证
nestly源代码在MIT License下免费提供。
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