纳米孔测序数据分析。
nanoraw的Python项目详细描述
摘要
该软件包为分析原始纳米孔序列提供了工具 数据，包括基调校正和可视化。
完整文档
完整的文档可在阅读文档时获得：https://nanoraw.readthedocs.io
安装
无需绘制依赖关系即可安装nanoraw（基本基因组重组算法和文本输出：wig和fasta）
pip install nanoraw
使用绘图依赖项安装nanoraw（需要单独安装r包ggplot2和cowlot）
pip install nanoraw[plot]
通过pip安装nanoraw
pip install nanoraw
通过Github安装放气边缘
pip install git+https://github.com/marcus1487/nanoraw.git
用法
nanoraw -h nanoraw [command] [options]
主命令（必须在任何其他命令之前运行）：
-
RI> {< CD1> }：用已有碱基的基因组标记重新注释原始信号。
基因组定位绘图命令：
plot_genome_location：在定义的基因组位置绘制信号。plot_motif_centered：在以特定基序为中心的区域绘制信号。plot_max_difference：绘制两组之间信号差异最大的信号。plot_most_significant：绘制两组间信号差异最大的信号图。plot_motif_with_stats：绘制来自多个区域的信号，并以一个interst基序为中心进行测试统计。
排序时间锚定绘图命令：
plot_correction：校正前后的图形分割。plot_multi_correction：绘制由基因组定位锚定的多个原始信号。
其他绘图命令：
plot_kmer：绘制信号分位数acorss kmers。cluster_most_significant：在碱基处有明显差异的聚类痕迹。
write_most_significant_fasta：两组间信号差异最大的写入序列。write_wiggles：为纳米孔信号值、覆盖率和统计数据编写摆动文件。Get additional help for subcommands with ^{tt1}$
要求
- hdf5（http://micro.stanford.edu/wiki/Install_HDF5#Install）
- 图表（https://github.com/isovic/graphmap） 或
- bwa-mem（<；http://bio-bwa.sourceforge.net/>；）
python要求：
- 努比
- scipy
- h5py
可选打印软件包（从r提示符安装带有install.packages([package_name])的r软件包）：
- rpy2（python包；带r安装）
- ggplot2（所有打印子命令都需要）
- cowlot（plot_motif_with_stats子命令所需）
引文
Stoiber，M.H.等人通过基因组引导的纳米孔信号处理实现dna修饰的从头鉴定。（2016）。
法律
Nanoraw V.1版权所有（c）2016，大学校董 加州，通过劳伦斯伯克利国家实验室 收到美国能源部要求的任何批准）。全部 保留权利。
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注意。这个软件是在美国的资助下开发的。 能源部。因此，美国政府被授予 它自己和其他代表它的人是一个有偿的，非排他性的， 不可撤销的、全球范围内的软件复制、准备许可 衍生作品，公开演出，公开展示。开始 获得版权声明许可后五（5）年 来自美国能源部，并受制于 （5）续签一年后，美国政府将授予其自身和其他人 代表其行事是一种已付的、非排他性的、不可逆转的可撤销，全球 许可软件复制、准备衍生作品， 向公众分发副本，公开表演，公开展示， 并允许其他人这样做。
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