执行mvp工作流的模块集合
mvp-module-librar的Python项目详细描述
NCATS转换器MVP模块库
国家转化科学促进中心（NCAT）正在资助 project called "Translator" 发展生物医学知识整合的网络基础设施。
一个关键目标是开发一个平台，用于指定和运行连接不同 相互关联的生物医学数据类型（疾病、基因、药物），以确定新的治疗方法 治疗各种疾病的选择。有助于实现这一目标的是一套生物信息学模块 作为这些工作流的构建块。其中一些模块被聚合并发布在这个包中， 在项目的“最小可行产品”应用程序中重用。
安装
这个包发布在pypi（https://pypi.org/project/mvp-module-library/）上，可以使用pip:
pip install mvp-module-library
与往常一样，为项目提供单独的python虚拟环境是很有用的。注意，最小的python 运行项目的发布版本现在是3.7版：
virtualenv -p python3.7 venv
source venv/bin/activate
pip install mvp-module-library
使用示例
>>> from pprint import pprint
>>> from BioLink.biolink_client import BioLinkWrapper
>>> b = BioLinkWrapper()
>>> pprint(b.get_obj('MONDO:0005148'))
{'association_counts': None,
'categories': ['disease'],
'consider': None,
'deprecated': None,
'description': 'A type of diabetes mellitus that is characterized by insulin '
'resistance or desensitization and increased blood glucose '
'levels. This is a chronic disease that can develop gradually '
'over the life of a patient and can be linked to both '
'environmental factors and heredity.',
'id': 'MONDO:0005148',
'label': 'type 2 diabetes mellitus',
'replaced_by': None,
'synonyms': [{'pred': 'synonym', 'val': 'adult-onset diabetes', 'xrefs': None},
{'pred': 'synonym',
'val': 'diabetes mellitis type II',
'xrefs': None},
{'pred': 'synonym',
'val': 'type II diabetes mellitus',
'xrefs': None},
{'pred': 'synonym',
'val': 'type 2 diabetes mellitus non-insulin dependent',
'xrefs': None},
{'pred': 'synonym', 'val': 'diabetes, type 2', 'xrefs': None},
{'pred': 'synonym', 'val': 'adult onset diabetes', 'xrefs': None},
{'pred': 'synonym',
'val': 'non-insulin dependent diabetes',
'xrefs': None},
{'pred': 'synonym', 'val': 'type II diabetes', 'xrefs': None},
{'pred': 'synonym', 'val': 'type 2 diabetes', 'xrefs': None},
{'pred': 'synonym',
'val': 'T2DM - type 2 diabetes mellitus',
'xrefs': None},
{'pred': 'synonym',
'val': 'non-insulin-dependent diabetes mellitus',
'xrefs': None},
{'pred': 'synonym',
'val': 'non-insulin dependent diabetes mellitus',
'xrefs': None},
{'pred': 'synonym',
'val': 'type 2 diabetes mellitus',
'xrefs': None},
{'pred': 'synonym',
'val': 'noninsulin dependent diabetes',
'xrefs': None},
{'pred': 'synonym',
'val': 'diabetes mellitis type 2',
'xrefs': None},
{'pred': 'synonym', 'val': 'NIDDM', 'xrefs': None}],
'taxon': {'id': None, 'label': None},
'types': None,
'xrefs': None}
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