代谢组学数据的路径与网络分析
mummichog的Python项目详细描述
mummichog是一个python程序，用于分析来自高吞吐量、无目标代谢组学的数据。它利用代谢网络的组织直接从特征表预测功能活动，绕过代谢产物识别。其特点包括
*计算显著丰富的代谢途径
*识别代谢网络中的重要模块
*在Web浏览器中可视化顶级网络
*可视化也可插入到细胞景观中插件版本2增加了离子分组的保留时间，改进了加合计算和数据跟踪。总体设计发生了很大变化，使软件更加模块化，更易于集成到web服务中。
pypi上有一个单独的版本1包，名为“mummichog1”。
此包是为方便开发人员和用户而提供的，虽然mummichog的开发更多地使用基于web的服务。
installation
----
mummichog可以使用pip（pip安装包）安装，但是python包管理器：
：：
这与操作系统无关。若要阅读有关pip的更多信息，请访问http://pip.pypa.io/en/stable/installing/installing with get pip py>；`.
对下载副本的直接python调用将起作用。
注意：在早期版本中可能会出现一个常见错误，原因是：
这是由networkx-2.0库中的不兼容更新导致的。可以通过指定
：
sudo pip install networkx==1.10
usage
----
输入数据是一个以制表符分隔的文件，前4列按以下顺序排列：
：
mz rtime p-value t-score
186.0185697 463 0.000149751400132 3.82
279.1773473 900.000399613326314 3.56
344.1330624 124 0.000998323061251-3.31
215.9641894 132 0.00105418285794-3.29
177.03232447 77 0.00121065359218 3.25
关于mummichog的初始论文在li等人中进行了描述。从高通量代谢组学预测网络活动。《公共科学图书馆·计算生物学》（2013）；doi:10.1371/journal.pcbi.1003123.。更多关于“项目网站”的信息，请访问http://mummichog.org
*计算显著丰富的代谢途径
*识别代谢网络中的重要模块
*在Web浏览器中可视化顶级网络
*可视化也可插入到细胞景观中插件版本2增加了离子分组的保留时间，改进了加合计算和数据跟踪。总体设计发生了很大变化，使软件更加模块化，更易于集成到web服务中。
pypi上有一个单独的版本1包，名为“mummichog1”。
此包是为方便开发人员和用户而提供的，虽然mummichog的开发更多地使用基于web的服务。
installation
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mummichog可以使用pip（pip安装包）安装，但是python包管理器：
：：
这与操作系统无关。若要阅读有关pip的更多信息，请访问http://pip.pypa.io/en/stable/installing/installing with get pip py>；`.
对下载副本的直接python调用将起作用。
注意：在早期版本中可能会出现一个常见错误，原因是：
这是由networkx-2.0库中的不兼容更新导致的。可以通过指定
：
sudo pip install networkx==1.10
usage
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输入数据是一个以制表符分隔的文件，前4列按以下顺序排列：
：
mz rtime p-value t-score
186.0185697 463 0.000149751400132 3.82
279.1773473 900.000399613326314 3.56
344.1330624 124 0.000998323061251-3.31
215.9641894 132 0.00105418285794-3.29
177.03232447 77 0.00121065359218 3.25
关于mummichog的初始论文在li等人中进行了描述。从高通量代谢组学预测网络活动。《公共科学图书馆·计算生物学》（2013）；doi:10.1371/journal.pcbi.1003123.。更多关于“项目网站”的信息，请访问http://mummichog.org
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