用于mpi的python绑定
mpi4p的Python项目详细描述
此包为消息传递提供python绑定 接口(MPI)标准。它是在mpi-1/2/3之上实现的 规范并公开基于标准mpi-2的api C++绑定。
功能
此软件包支持:
- 任何pickablepython对象的方便通信
- 点对点(发送和接收)
- 集合(广播、分散和聚集、减少)
- 创建新的内部/内部通讯器
- 笛卡尔图拓扑
- 读写
- 阻塞/不膨胀&集合/非集合
- 单个/共享文件指针&显式偏移量
- 生成多个
- 接受/连接
- 名称发布和查找
- 远程内存访问(放置、获取、累积)
- 被动目标同步(启动/完成&发布/等待)
- 活动目标同步(锁定和解锁)
安装
一旦有了一个有效的mpi实现和mpicc编译器 包装器位于您的搜索路径上,您可以安装此软件包
使用pip:
$ pip install mpi4py
使用easy_install(不推荐):
$ easy_install mpi4py
您还可以安装开发中版本的mpi4py
使用pip:
$ pip install git+https://bitbucket.org/mpi4py/mpi4py
或:
$ pip install https://bitbucket.org/mpi4py/mpi4py/get/master.tar.gz
使用easy_install(不推荐):
$ easy_install git+https://bitbucket.org/mpi4py/mpi4py
或:
$ easy_install https://bitbucket.org/mpi4py/mpi4py/get/master.tar.gz
你也可以直接安装在Fedora上(以及RHEL和他们的 使用EPEL软件库的衍生工具)
使用dnf和mpich包对x86_64:
$ dnf install mpi4py-mpich
使用dnf和openmpi包对x86_64:
$ dnf install mpi4py-openmpi
请记住为您选择的MPI环境加载正确的模块
对于x86_64do上的mpich包:
$ module load mpi/mpich-x86_64 $ python -c "import mpi4py"
对于x86_64do上的openmpi包:
$ module load mpi/openmpi-x86_64 $ python -c "import mpi4py"
引文
如果针对python的mpi对于导致 学术出版物,请引用 项目。
- L.Dalcin,P.Kler,R.Paz和A.Cosimo, 使用python的并行分布式计算, 水资源进展,34(9):1124-11392011。 http://dx.doi.org/10.1016/j.advwatres.2011.04.013
- L.Dalcin,R.Paz,M.Storti和J.D'Elia, mpi for python:性能改进和mpi-2扩展, 并行与分布式计算杂志,68(5):655-6622008。 http://dx.doi.org/10.1016/j.jpdc.2007.09.005
- L.Dalcin,R.Paz和M.Storti, mpi用于python, 并行与分布式计算杂志,65(9):1108-11152005. http://dx.doi.org/10.1016/j.jpdc.2005.03.010