图案出现检测套件
MOODS-python的Python项目详细描述
moods python 1.9.4.1
motif出现检测套件
https://www.cs.helsinki.fi/group/pssmfind/
从pypi安装
安装mood的最快方法是使用pip:
(a)将模块安装到本地python库路径:
pip install --user MOODS-python
(b)为所有用户安装模块:
sudo pip install MOODS-python
从pypi安装moods包将moods-dna.py
脚本安装到
您的python可执行目录。通过运行进行测试:
moods-dna.py --help
(注意,这假设适当的python可执行目录在 你的路。例如,如果使用--user安装包,则可以执行以下操作 使用
PATH="$PATH:`python -m site --user-base`/bin"
否则不起作用。)
从源安装
或者,您可以从源包安装mood,例如 没有配置pip,或者您只需要快速的一次性安装。
(a)如果不想麻烦安装mood,可以编译扩展
就位并在scripts/
:
python setup.py build_ext --inplace
cd scripts
ln -s ../MOODS/
(b)将模块安装到本地python库路径:
python setup.py install --user
(c)为所有用户安装模块:
sudo python setup.py install
您可以通过运行moods-dna.py
脚本来测试情绪
包中提供的示例数据:
cd scripts/
python moods-dna.py -m example-data/matrices/*.{pfm,adm} -s example-data/seq/chr1-5k-55k.fa -p 0.0001
python moods-dna.py --help
文档
github wiki上的文档:https://github.com/jhkorhonen/MOODS/wiki
版权和许可
版权所有(c)2009 Petri J Martinm_ki,Janne Korhonen,Pasi Rastas
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