图案出现检测套件

MOODS-python的Python项目详细描述


moods python 1.9.4.1

motif出现检测套件

https://www.cs.helsinki.fi/group/pssmfind/

从pypi安装

安装mood的最快方法是使用pip:

(a)将模块安装到本地python库路径:

pip install --user MOODS-python

(b)为所有用户安装模块:

sudo pip install MOODS-python

从pypi安装moods包将moods-dna.py脚本安装到 您的python可执行目录。通过运行进行测试:

moods-dna.py --help

(注意,这假设适当的python可执行目录在 你的路。例如,如果使用--user安装包,则可以执行以下操作 使用

PATH="$PATH:`python -m site --user-base`/bin"

否则不起作用。)

从源安装

或者,您可以从源包安装mood,例如 没有配置pip,或者您只需要快速的一次性安装。

(a)如果不想麻烦安装mood,可以编译扩展 就位并在scripts/

下创建符号链接
python setup.py build_ext --inplace
cd scripts
ln -s ../MOODS/

(b)将模块安装到本地python库路径:

python setup.py install --user

(c)为所有用户安装模块:

sudo python setup.py install

您可以通过运行moods-dna.py脚本来测试情绪 包中提供的示例数据:

cd scripts/
python moods-dna.py -m example-data/matrices/*.{pfm,adm} -s example-data/seq/chr1-5k-55k.fa -p 0.0001
python moods-dna.py --help

文档

github wiki上的文档:https://github.com/jhkorhonen/MOODS/wiki

版权和许可

版权所有(c)2009 Petri J Martinm_ki,Janne Korhonen,Pasi Rastas

此程序是免费软件:您可以重新分发和/或修改 根据由 自由软件基金会,或者许可证的第3版,或者 (根据你的选择)任何更高版本,或根据Biopython的条款 执照。

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