MetaPhlAn是一种计算工具，用于根据具有物种水平的宏基因组鸟枪测序数据（即非16S）分析微生物群落（细菌、古生菌和真核生物）的组成。使用新添加的StrainPhlAn模块，现在可以执行精确的应变水平微生物分析。
MetaPhlAn的Python项目详细描述
MetaPhlAn：元基因组系统发育分析
版本3的新增功能
- 基于UniRef的新版本ChocoPhlAn提取新的MetaPhlAn标记基因
- 用参数
--unknown_estimation估算未知微生物组成的宏基因组 - 使用参数
--index latest自动检索和安装最新的MetaPhlAn数据库 - 使用
--add_viruses进行病毒分析 - 计算元基因组大小以改进对给定分支的读数估计
- 在输出文件中包含NCBI分类标识
- 包括CAMI（分类法）分析输出格式
- 删除低MAPQ值的读取
说明
MetaPhlAn是一种计算工具，用于根据物种水平的宏基因组shotgun测序数据（即非16S）分析微生物群落（细菌、古生菌和真核生物）的组成。有了新增加的StrainPhlAn模块，现在可以进行精确的菌株水平的微生物分析。在
MetaPhlAn依赖于~1.1M独特的分支特异性标记基因（最新的标记信息文件mpa_v30_CHOCOPhlAn_201901_marker_info.txt.bz2可找到here），从~100000个参考基因组（~99500个细菌和古细菌以及~500个真核生物）中鉴定，允许：
- 明确的分类分配
- 生物相对丰度的精确估计
- 细菌、古生菌、真核生物和病毒的物种级分辨率
- 应变识别与跟踪
- 与现有方法相比，速度提高了一个数量级。在
- 大基因组菌株水平群体基因组学
如果您使用MetaPhlAn，请引用：
Integrating taxonomic, functional, and strain-level profiling of diverse microbial communities with bioBakery 3Francesco Beghini、Lauren J McIver、Aitor Blanco Miguez、Leonard Dubois、Francesco Asnicar、Sagun Maharjan、Ana Mailyan、Andrew Maltez Thomas、Paolo Manghi、Mireia Valles Colomer、George Weingart、Yancong Zhang、Moreno Zolfo、Curtis Huttenhower、Eric A Franzosa、Nicola Segata。bioRxiv预印本（2020）
如果您使用StrainPhlAn，请引用MetaPhlAn文件和以下StrainPhlAn文件：
Microbial strain-level population structure and genetic diversity from metagenomes.Duy Tin Truong、Adrian Tett、Edoardo Pasoli、Curtis Huttenhower和Nicola Segata。基因组研究27:626-638（2017）
安装
安装MetaPhlAn的最佳方法是通过conda通过Bioconda通道。如果您没有配置Anaconda安装以便从Bioconda获取包，请遵循these steps以设置频道。
您可以通过运行
$ conda install -c bioconda python=3.7 metaphlan
要从源代码安装它以及进一步的安装说明，请参阅Wiki的Installation段落。在
MetaPhlAn和StrainPhlAn教程和资源
除了本页上的信息外，您还可以参考以下附加资源。在
- 在 在
- 在 在
- 在
关于生物烘焙的MetaPhlAn和{a13}维基。在
在 - 在
MetaPhlAn和{a15}讨论论坛。在
在 - 在
相关工具包括PanPhlAn（及其tutorial）、GraPhlAn（和它的tutorial）、PhyloPhlAn 3（及其tutorial）、HUMAnN（及其tutorial）。在
在 - 在 在
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