Atlas-集合、注释和元基因组和元转录组数据的基因组组合的工作流。
metagenome-atlas的Python项目详细描述
阿特拉斯
文档
安装
所有依赖项都使用bioconda通道通过conda安装。 工作流和一些依赖项需要python 3。
预期用途需要conda。
将在程序集的第一次执行时安装进一步的依赖项 或注释协议，并在协议的后续执行中重复使用。
有关bioconda的更多信息，请参见：https://bioconda.github.io/
作为新环境
使用conda，执行：
conda create -n atlas -c bioconda -c conda-forge python>=3.6 snakemake pandas bbmap=37.78 click ruamel.yaml biopython
加载环境：
source activate atlas
安装atlas：
pip install -U metagenome-atlas
或者从github安装最新的atlas:
git clone https://github.com/metagenome-atlas/atlas.git
cd atlas
pip install .
入门
安装之后，需要下载所需的数据库并创建一个示例配置文件。
数据库
下载数据库及其相应的元数据数据库：
atlas download -o ~/databases
配置文件
要创建配置文件，请运行：
atlas make-config --database-dir ~/databases config.yaml ~/directory_with_fastqs
将填充示例名称和文件路径以及默认设置 配置名称此YAML文件可以更新 任何文本编辑器。
示例名称应为a-z字符，可以用短划线（“-”）分隔。
有关完整文档，请参见：
装配
在编辑配置文件并调整任何其他参数之后 我们使用：
atlas assemble config.yaml
默认情况下，这会将结果写入 可用的CPU核心总数。
许可证
BSD-3号。
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