磁共振线圈重建工具箱
mct的Python项目详细描述
磁共振线圈重建工具箱（mct）是一个用于组合多通道磁共振采集通道的小工具箱。 在可能的情况下，此工具箱使用GPU加速例程来加速处理。 例如，使用gpu或多线程cpu拟合starc（稳定性加权rf线圈组合）重建模型的权重。 目前，mct支持rsos（平方根和）、rcovsos（与sos相同，但不使用噪声协方差矩阵）和starc。
beta版本通知
请注意，此软件仍处于测试阶段，用户界面可能会随版本而变化。
摘要
- 具有多线圈组合/重建方法
- 命令行和python接口
- GPU/多核CPU加速STARC
- 免费开源软件：lgpl v3许可证
- 基于python和opencl的
- 完整文档：https://mct.readthedocs.io/
- 项目主页：https://github.com/cbclab/MCT
- 使用GitLab workflow
- 标签：MRI、线圈重建、图像重建、OpenCL、Python
数据重建
此软件包含各种重建方法，可用于将通道合并为一个（或多个）卷。 并非所有重建方法都适用于您的数据，例如starc[1]方法仅在处理fmri数据时有效。
控制台
要使用命令行重建数据，安装后可以使用：
$ mct-reconstruct <method> {0..15}.nii
其中方法是“rsos”、“rcovsos”或“starc”之一。 有些方法需要更多信息来组合通道，请参阅完整的文档。
如果您只想使用特定数量的数据，请使用命令行上的“–volumes”或“-v”开关：
$ mct-reconstruct <method> {0..15}.nii -v odd
仅使用（例如）奇数卷。可用选项包括“奇数”、“偶数”或索引列表，如“0 2 4 5”（空格分隔）。
Python
也可以使用python api重建数据，例如：
frommct.reconstruction_methodsimportrSoS,rCovSoS,STARCinput_path='/data/'output_path='/data/output/'nmr_channels=16input_filenames=[input_path+str(ind)forindinrange(nmr_channels)]method=rSoS(input_filenames)method.reconstruct(output_path,volumes='odd')
这将只使用奇数卷使用rso重建数据。
参考文献：
- Simple approach to improve time series fMRI stability: STAbility-weighted Rf-coil Combination (STARC), L. Huber et al. ISMRM 2017 abstract #0586.
快速安装指南
MCT的基本要求是：
- python 3.x（推荐）或python 2.7
- 在GPU驱动程序或CPU运行时支持OpenCl 1.2（或更高版本）
linux
对于ubuntu>；=16，您可以使用：
- sudo add-apt-repositoryppa:robbert-harms/cbclab
- sudo apt-get update
- sudo apt-get install python3-mct
对于debian用户和ubuntu<；16用户，请使用以下命令安装mdt：
- sudo apt-get install python3 python3-pippython3-pyopenclpython3-numpypython3-nibabelpython3-pyqt5python3-matplotlibpython3-yamlpython3-argcompletelibpng-devlibfreetype6-devlibxft-dev
- sudo pip3 install mct
注意python3-nibabel可能需要neurodebian才能在您的计算机上可用。另一种方法是改用pip3 install nibabel。
windows
windows上的安装稍微复杂一些，下面只是一个快速参考指南。 为了保存信息的重复，并且由于此包依赖于mdt和mot，可以从以下位置复制完整的安装说明 the MDT documentation。 遵循该指南之后，只需使用pip install mct即可完成mct的安装。 快速概述如下：
- 安装anaconda python 3.5
- 使用https://mot.readthedocs.io处的指南安装mot
- 打开一个水蟒壳并键入：pip install mct
mac
- 安装anaconda python 3.5
- 打开终端并键入：pip install mct
请注意，由于mac中opencl驱动程序的不稳定特性，mac支持是实验性的，即以gpu作为所选设备运行mdt的用户可能会遇到崩溃。 不过，在cpu中运行mdt似乎是可行的。
有关更多信息和完整的安装说明，请参见mdt包的文档https://maastrichtdiffusiontoolbox.readthedocs.org
路线图
加一个f查看更多重建方法，如：
- Roemer
- GRAPPA
- SENSE
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