大分子对接框架
lightdock的Python项目详细描述
1。概要
^{str1}$LightDock是一个基于Glowworm Swarm Optimization（GSO）算法的蛋白质-蛋白质、蛋白质肽和蛋白质DNA对接框架。在
LightDock框架具有高度的通用性，有许多可供用户进一步开发和优化的选项：它可以接受任何用户定义的评分函数，可以使用局部无梯度最小化，模拟可以从一开始就限制到关注用户指定的交互区域，它支持受体和配体伙伴的残基限制。在
2。参考文献
LightDock协议和使用残留限制的更新已经发表在Oxford Bioinformatics杂志上。如果您在研究中使用LightDock，请引用以下参考资料：
LightDock：一种新的多尺度蛋白质对接方法Brian Jiménez-García，豪尔赫·罗埃尔·图里斯、米格尔·罗梅罗·杜拉纳、米克尔·维达尔、丹尼尔·吉姆内斯·冈萨雷斯和胡安·费尔南德斯·雷西奥 生物信息学，第34卷，第1期，2018年1月1日，第49-55页，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx555
LightDock以信息驱动 豪尔赫·罗尔·图里斯，亚历山德拉·M·J·J·邦文，Brian Jiménez-García生物信息学，btz642；doi:https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz642
3。安装
Lightdock软件是兼容的，并已与以下操作系统进行了测试：
- macOS：埃尔卡皮坦，塞拉，高塞拉，莫哈韦，卡塔琳娜。在
- ^{str1}$GNU/Linux：Ubuntu 16+、Debian Stretch+、Scientific Linux 6+、CentOS 6+。在
尽管协议的许多部分可能可以运行，但微软的Windows并没有得到官方的支持。请自担风险使用。如果您希望参与测试和开发LightDock for Windows，请与我们联系。在
3.1条。依赖性
LightDock具有以下依赖项：
- 数字（http://www.numpy.org/）
- 短发（http://www.scipy.org/）
- Cython（http://cython.org/）
- 生物圈（http://biopython.org）
- ProDy（http://prody.csb.pitt.edu/）
- 自由女神（http://freesasa.github.io/）
可选依赖项包括：
- MPI4py（如果您计划使用目前处于试验阶段的MPI支持，http://pythonhosted.org/mpi4py/）
3.1.1。安装NumPy、Scipy、Cython、Biopython和ProDy
pip3 install numpy, scipy, cython, biopython, pyparsing, prody
3.2条。安装LightDock
安装LightDock的最快方法是使用pip：
4。发展
对于LightDock代码的开发和扩展，请遵循以下说明：
4.1条。克隆
克隆此存储库：
git clone https://github.com/lightdock/lightdock.git
4.2条。编译Python C和Cython扩展
请确保已安装依赖项（通过pip、包管理器等）：
- 数量=1.17.1
- scipy>；=1.3.1
- cython>；=0.29.13
- 生物ython>；=1.74
- pyparsing>；=2.4.2
- 产量=1.10.11
- freesasa>；=2.0.3
有bash脚本来编译所有扩展：
cd lightdock
./setup.sh
4.3。将Lightdock添加到您的路径
将以下行添加到~/.bashrc文件中，不要忘记更改/path/to/lightdock：
# LightDockexportLIGHTDOCK_HOME="/path/to/lightdock"exportPATH=$PATH:$LIGHTDOCK_HOME/bin exportPYTHONPATH=$PYTHONPATH:$LIGHTDOCK_HOME
别忘了应用更改：
source ~/.bashrc
4.4条。测试
您可以运行LightDock测试：
cd lightdock
nosetests-3.8
5。文件
{关于如何使用dock和协议的教程}可以在dock上找到一些关于如何运行的教程。在
6。寻求帮助
LightDock正在积极开发中，可能会出现一些问题，或者您可能需要额外的帮助来运行LightDock。在这种情况下，有两种主要的方法获得帮助：
- 阅读FAQ以防你的问题是已知的
- 打开new issue in this repository
- 或者给b.jimenezgarcia@uu.nl写封电子邮件
7。许可证
LightDock在GPLv3许可下可用。有关详细信息，请参阅LICENSE文档。在
- 项目
标签：
欢迎加入QQ群-->： 979659372
