在笔记本中定义斯坦码的魔法。
jupyterstan的Python项目详细描述
朱庇特斯坦
jupyterstan
是一个帮助开发stan模型的包(使用pystan
)
在Jupyter笔记本里。
该软件包主要基于arvinds
stanmagic包,但提供
只返回pystan.Model
对象的接口。
此外,它还捆绑arvinds dsstan_code_helper
包以改进
STAN单元格的语法突出显示。
功能
- 以
%%stan
开头的所有单元格中的stan语言语法突出显示 - 编译stan模型并通过运行
%%stan
单元格将其保存为pystan变量 - 不再担心
model_code
,读取stan文件等问题。
安装
要安装库:
pip install jupyterstan
用法
要在笔记本中使用magic
,您需要领导分机:
%load_extjupyterstan
要在jupyter笔记本中定义stan模型,请使用%%stan
启动单元格。
魔法。您还可以提供一个变量名,即
对象pystan.Model
将被分配给。例如:
%%stanparis_female_birthsdata{intmale;intfemale;}parameters{real<lower=0,upper=1>p;}model{female~binomial(male+female,p);}
运行此单元格时,jupyterstan
将创建一个pystan模型对象,该对象将编译您的模型并允许
你可以从中取样。使用编译后的模型:
fit=paris_female_births.sampling(data={'male':251527,'female':241945},iter=1000,chains=4)