biopython对二进制序列格式的支持

incenp.binseqs的Python项目详细描述


binseqs-支持bioython中的二进制序列格式

binseqs是一个python包,旨在丰富seqio 通过添加 支持一些二进制序列格式。

折旧警告

这个代码现在已经合并到Biopython中。从 Biopython 1.75版,您需要做的就是支持这些格式 下面是加载bio.seqio模块。

因此,该项目将不再维持。它将 保持在线状态,但不会更新。所有改进 在biopython存储库中会修复错误。

在Biopython 1.75发布之前,您仍然可以使用此模块。 在您的系统上可用。之后,加载incenp.bio.seqio 模块将为禁止操作,并发出弃用警告。

支持的格式

用法

binseqs解析器和writer不是为使用而设计的 独立使用,应该通过Biopython的 Seqio模块。

只需导入incenp.bio.seqio模块即可生成解析器 以及Biopython的Seqio:

from Bio import SeqIO
import incenp.bio.seqio

records = list(SeqIO.parse('snapgene_file.dna', 'snapgene'))
SeqIO.write(records, 'serialcloner_file.xdna', 'xdna')

复制

BinSeqs是免费软件,根据 类似疯牛病的执照。完整的许可证包含在 源发行版的license.txt文件。

主页

该项目位于https://incenp.org/dvlpt/binseqs.html" rel="nofollow">https://incenp.org/dvlpt/binseqs.html (主页)和https://git.incenp.org/damien/binseqs(存储库 和bug跟踪器)。

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