biopython对二进制序列格式的支持
incenp.binseqs的Python项目详细描述
binseqs-支持bioython中的二进制序列格式
binseqs是一个python包,旨在丰富seqio 通过添加 支持一些二进制序列格式。
折旧警告
这个代码现在已经合并到Biopython中。从
Biopython 1.75版,您需要做的就是支持这些格式
下面是加载bio.seqio
模块。
因此,该项目将不再维持。它将 保持在线状态,但不会更新。所有改进 在biopython存储库中会修复错误。
在Biopython 1.75发布之前,您仍然可以使用此模块。
在您的系统上可用。之后,加载incenp.bio.seqio
模块将为禁止操作,并发出弃用警告。
支持的格式
xDNA
格式,由DNA漫游者使用 串行克隆器: 支持读写snapgene
格式,由snapgene使用: 仅支持阅读gck
格式,由基因构建工具包使用: 仅支持阅读
用法
binseqs解析器和writer不是为使用而设计的 独立使用,应该通过Biopython的 Seqio模块。
只需导入incenp.bio.seqio
模块即可生成解析器
以及Biopython的Seqio:
from Bio import SeqIO
import incenp.bio.seqio
records = list(SeqIO.parse('snapgene_file.dna', 'snapgene'))
SeqIO.write(records, 'serialcloner_file.xdna', 'xdna')
复制
BinSeqs是免费软件,根据 类似疯牛病的执照。完整的许可证包含在 源发行版的license.txt文件。
主页
该项目位于https://incenp.org/dvlpt/binseqs.html" rel="nofollow">https://incenp.org/dvlpt/binseqs.html (主页)和https://git.incenp.org/damien/binseqs(存储库 和bug跟踪器)。