嵌入iCn3D查看器的IPython接口
icn3dp的Python项目详细描述
icn3dpy
icn3dpy是一个简单的IPython/Jupyter小部件 在笔记本中嵌入交互式iCn3D查看器。它的源代码位于PyPI，并且也包含在iCn3D GitHub。在
Jupyter笔记本电脑中icn3dpy的3D视图是交互式的，就像在任何浏览器中一样。弹出窗口将出现在3D视图下。如果您有预定义的剪切视图，则可以使用icn3dpy中的预定义命令，如下所示。在
如果遇到问题，请提交issue。在
安装
安装icn3dpy：
pip install icn3dpy
安装延长件：
^{pr2}$使用
打开笔记本：
jupyter notebook
并发出如下Python脚本：
import icn3dpy
“mmdbid”作为输入：
view = icn3dpy.view(q='mmdbid=6hjr')
view
您也可以尝试除“mmdbid”之外的其他输入。 “pdbid”作为输入：
view = icn3dpy.view(q='pdbid=2bbv')
view
“mmtfid”作为输入：
view = icn3dpy.view(q='mmtfid=6vxx')
view
“cid”作为输入：
view = icn3dpy.view(q='cid=2244')
view
使用预定义的命令（参考iCn3D Gallery中的命令）：
view = icn3dpy.view(q='mmdbid=6m0j',command='scatterplot interaction pairs | !A !E | hbonds,salt bridge,interactions,halogen,pi-cation,pi-stacking | false | threshold 3.8 6 4 3.8 6 6; show selection; add residue number labels')
view
命令
您可以使用iCn3D交互界面生成自定义视图，然后单击“文件”>；“共享链接”获取“原始URL”中的命令。列出所有iCn3D命令here。在
许可证
美国政府工作
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