克隆相关免疫球蛋白的包装
icing的Python项目详细描述
#免疫球蛋白数据的结冰推断克隆
克隆相关免疫球蛋白的python包。
cocing是一种无监督学习技术的实现 用于鉴定克隆，这是一组免疫球蛋白 共同的祖先。换句话说，同一组的免疫球蛋白下降 来自同一个生殖系。 此外，该方法还可用于 样品的数量很高。因此，可以使用框架 结合ngs技术。
##快速启动 首先，使用package manager pip从python包索引下载coming 具有 `bash $ pip install icing ` 或者使用 `bash $ git clone https://github.com/slipguru/icing ` 然后用 `bash $ python setup.py build_ext --inplace install ` 如果克隆了存储库，请在coing/examples目录下导航。这里，举个例子 `bash $ ici_run.py config_example.py ` 输出的形式应该是 `bash CRITICAL (2017-02-28 12:52:28,564): Start analysis for clones_95.tab CRITICAL (2017-02-28 12:52:44,282): Number of clones: 104 `
如果要生成一些分析图，请运行 `bash $ ici_analysis.py icing_example_result/icing_clones_95.tab_<today date> . ` 就这样。
###“好吧，现在我想真正用它。” 伟大的！
首先，使用-c命令创建一个新的配置文件。 `bash $ ici_run.py -c config.py ` 修改配置文件以指定输入文件的路径和非标准结冰设置。
使用 `bash $ ici_run.py config.py ` 它将在<；当前路径>；/results/cooling\lt；date\u of\u today>；中生成一个输出文件夹。
现在分析结果 `bash $ ici_analysis.py results/output_folder/ ` 生成与分析相关的图。 完成！
##依赖关系 Cocing是使用Python2.7开发的，它的主要功能继承自：
- 努比
- scipy
- SCIKIT学习
- matplotlib
- 肖伯恩
##作者和撰稿人 当前开发者：federico tomasi（[@fdtomasi]（https://github.com/fdtomasi））。
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