简单的python包,用于生成和缓存任意深度的随机和染色体保持。

holdouts-generator的Python项目详细描述


Travis CI buildSonarCloud QualitySonarCloud MaintainabilityCodacy MaintainabilityMaintainabilityPypi projectPypi total project downloads

简单的python包,用于生成和缓存任意深度的随机和染色体保持。

如何安装此软件包?

像往常一样,只需使用pip:

pip install holdouts_generator

测试覆盖率

由于某些软件处理覆盖有时会得到稍有不同的结果,下面是其中的三个:

Coveralls CoverageSonarCloud CoverageCode Climate Coverate

生成随机保持

假设要生成3层holdouts,分别以0.3、0.2和0.1作为测试大小,5、3和2作为数量:

fromholdouts_generatorimportholdouts_generator,random_holdoutsdataset=pd.read_csv("path/to/my/dataset.csv")generator=holdouts_generator(dataset,holdouts=random_holdouts([0.3,0.2,0.1],[5,3,2]),cache=False,# Set this parameter to True to enable automatic cachingmemory_cache=False,# Set this parameter to True to enable automatic in memory caching, usefull when you would reload the objects multiple timescache_dir=".holdouts"# This is the default cache directory)for(training,testing),inner_holdoutsingenerator():for(inner_train,inner_test),small_holdoutsininner_holdouts():for(small_train,small_test),_insmall_holdouts():#do what you need :)

产生染色体保持率

假设你想产生两层持留物,两层外层的17号和18号染色体,三层内层的17/18号、20号和21号染色体:

fromholdouts_generatorimportholdouts_generator,chromosomal_holdoutsdataset=pd.read_csv("path/to/my/genomic_dataset.csv")generator=holdouts_generator(dataset,holdouts=chromosomal_holdouts([([17],[([18],None),([20],None),([21],None)])([18],[([17],None),([20],None),([21],None)])]),cache=False,# Set this parameter to True to enable automatic cachingmemory_cache=False,# Set this parameter to True to enable automatic in memory caching, usefull when you would reload the objects multiple timescache_dir=".holdouts"# This is the default cache directory)for(training,testing),inner_holdoutsingenerator():for(inner_train,inner_test),_ininner_holdouts():#do what you need :)

清除保持缓存

只需运行方法清除缓存

fromholdouts_generatorimportclear_cacheclear_cache(cache_dir=".holdouts"# This is the default cache directory)

清除保持内存缓存

只需运行方法清除内存缓存

fromholdouts_generatorimportclear_memory_cacheclear_memory_cache(cache_dir=".holdouts"# This is the default cache directory)

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