用于钙显像细胞检测的hnccorr算法。
hnccorr的Python项目详细描述
HNCCORR
hnccorr算法识别双光子钙成像电影中的细胞体。我们提供了Python3实现和传统的Matlab实现。该软件可免费用于非商业用途。有关详细信息，请参见许可证。
hnccorr算法在我们的eNeuro paper：
Q Spaen, R Asín-Achá, SN Chettih, M Minderer, C Harvey, and DS Hochbaum. (2019). HNCcorr: A novel combinatorial approach for cell identification in calcium-imaging movies. eNeuro, 6(2).
示例（python）
fromhnccorrimportHNCcorr,Moviefromhnccorr.exampleimportload_example_datamovie=Movie("Example movie",load_example_data()# downloads sample Neurofinder dataset)H=HNCcorr.from_config()# Initialize HNCcorr with default configurationH.segment(movie)H.segmentations# List of identified cellsH.segmentations_to_list()# Export list of cells (for Neurofinder)
有关详细信息，请参阅quickstart指南。
python 3的安装说明
可以使用pip从python包索引直接安装hnccorr:
pip install hnccorr
在windows上，您可能需要安装C-compiler for Python。
Matlab的安装说明
在Eneuro手稿中，Matlab实现用于生成结果，现在被Python实现取代。Matlab实现可以在matlab文件夹中找到。有关说明，请参阅matlab文件夹中的自述文件。
文档
文档位于ReadTheDocs。
测试
hnccorr的测试使用pytest包。您可以使用主目录中的pytest命令执行它们。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
