hcpre 0.5.5

快速提示

为了简洁起见，所有指令都假设您使用的是bash 壳牌。如果你做了一个明智的决定，我想 你知道的足够多，可以把一切都转化成你自己的环境。如果 你被一些力量强迫去做别的事，可怜的灵魂， 向系统管理员（或本地友好的书呆子）寻求帮助，或 将此作为学习机会。

这些说明还假设您的python环境已经 设置.如果不是这样，你可能会发现咨询我们的 集群设置 说明 。 虽然说明书中有专门针对高性能的 圣路易斯华盛顿大学的计算集群 也适用于您的环境。

HCP管道

此代码已针对HCP管道v3.0rc3（commit）进行了测试 058C132FC，星期二，2014年1月14日）。你必须确保这个或 所有的 要在其上运行工作流的计算机。安装还可以 简单-只要你已经有了所有的HCP管道 已安装依赖项。有关更多信息，请查看hcp pipeline readme.txt 关于如何做到这一点的信息，特别注意fsl和 Freesurfer版本，并安装 渐变色。如果有多个版本的 在你的机器上爬升-小心！确保 从命令行调用的版本是在上找到的第一个版本 您的python路径，否则您可能会看到一些崩溃。

最后一点：因为HCP管道包括一些相当大的 文件，你的系统管理员可能会通知它如果没有 为每个用户提供一个新的安装。找其他人看看 使用您计划使用的系统谁也可能使用HCP 管道。如果它们已经安装好了，就可以省去一些麻烦。

HCprep（本项目）

此项目是针对python版本>；2.7和<；3.0、nipype>； 0.92.

要获得最新版本，请安装nipype，然后使用pip安装hcpre。这个 nipype的安装现在有点讨厌。你也可以 检查他们的安装文档，或者继续打电话 pip install hcpre 然后检查错误以查看哪些依赖项 你不见了。例如，第一次运行它时，您可能会得到 错误如下：

Need nisext package from nibabel installation - please install nibabel first

RuntimeError: Cannot import package "networkx" - is it installed?
# or
RuntimeError: Cannot import package "scipy" - is it installed?

因此，再次调用pip install x，其中x是networkx，或者 scipy 或它告诉你的任何东西都不见了。我知道这很臭，而且 相信我，我已经试着使这个依赖项安装干净，但是 （暂时）认输。纽比和希比可能需要一段时间 构建，但希望这个过程不会花费太长时间，最终 此命令将起作用：

pip install hcpre

一旦成功了，你应该给自己弄杯啤酒。我当然知道。

要安装开发版本，请将此存储库克隆到 计算机，并更新path和pythonpath变量，或运行setup.py 手动< /P>

exportPATH=$PATH:/path/to/hcpre/hcpre
exportPYTHONPATH=$PYTHONPATH:/path/to/hcpre

# or...
cd /path/to/hcpre
python setup.py install

也可以尝试使用requirements.txt文件安装依赖项 使用PIP。同样，您可能需要逐个安装一些东西。

pip install -r requirements.txt

如果你在一个社区机器上工作，就和你的系统谈谈 管理员关于requirements.txt的内容，无论 这些依赖项已经安装，并且您所做的任何修改 可能需要对您的环境进行检查以确保它们在您的 蟒蛇路。

您还需要安装mricron，并确保其dcm2NII DICOM转换应用程序在您的路径上。

环境变量

HCP管道大量使用环境变量，其中大部分 由nipype工作流处理。但是仍然有一些 必须正确设置的变量： $freesurfer\u home 和 $fsldir 。更重要的是，你打电话给FSL 从.bashrc或.bash_配置文件中释放surfer安装脚本。检查 HCP管道自述文件，以获取有关 freesurfer和fsl的版本目前是它们的代码目标。