GReNaDIne 0.0.4

格林纳丁：基因调控网络数据驱动推理

这个Python3.7包允许通过几个 数据驱动方法。还包括预处理和评估方法。

依赖性

• pip install numpy版本1.16.2
• pip install pandas版本0.24.2
• pip install matplotlib版本3.0.3
• pip install joblib版本0.13.2
• pip install Cython版本0.29.6
• pip install sklearn版本0.20.3
• pip install pandas版本0.24.2
• pip install pot版本0.5.1 pot不包含在自动依赖项安装中 如果要使用columns_matrix_ot_norm（）规范化函数，必须安装它。 包装的其他功能不需要锅。
• pip install rpy2版本3.0.2 自动依赖项安装中不包括rpy2 如果要使用deseq2（）规范化函数，必须安装它。 包的其他函数不需要rpy2。

安装：

pip install GReNaDIne

教程：

查看位于tutorial文件夹中的jupyter笔记本教程

• Infer_dream5_E_coli_GRN_using_GENIE3.ipynb使用genie3方法（随机森林回归）推断GRN
• Infer_dream5_E_coli_GRN_using_SVMs.ipynb使用支持向量机方法（SVM分类）推断GRN

作者：

有关错误报告和反馈，请随时与作者联系

• Sergio Peignier
• Pauline Schmitt

维修人员：

• Sergio Peignier

标签：

• install
• pip
• 数据
• 方法
• 函数
• 版本
• 网络
• 基因
• grn

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