从NCBI轻松下载和存储taxID基因组
genome_collector的Python项目详细描述
genomecollector是一个Python库，用于下载和管理参考基因组 特定类群的数据，特别是核苷酸和蛋白质序列（在 fasta/genbank/gff格式）和路线数据库（BLAST、Bowtie1/2）。在
数据是根据需要自动下载的，因此非常容易 对于Python项目使用和重复使用大肠杆菌的参考基因组， S、 cerevisiae等等，不用担心从NCBI手动下载。在
示例
让我们来获取大肠杆菌中所有蛋白质序列的Biopython记录：
fromgenome_collectorimportGenomeCollectioncollection=GenomeCollection()records=collection.get_taxid_biopython_records(511145,"protein_fasta")
就这样！如果你的机器上没有蛋白质数据，基因组 Collector从NCBI下载，并存储在您的“collection”中，以便下一个 时间你需要它。在
现在，让我们获取一个酿酒酵母的本地BLAST数据库的路径：
^{pr2}$如果你的机器上没有酿酒数据库，基因组采集员 下载了基因组数据并建立了它。现在在你的收藏里，你呢 可以使用返回的db_path启动BLAST进程：
importsubprocessprocess=subprocess.run(['blastn','-db',db_path,'-query','queries.fa','-out','results.txt'])
信息
- 安装：使用pip install genome_collector。一些爆炸和蝴蝶结 功能还需要安装特定的软件，请参阅文档。在
- Docs：https://edinburgh-genome-foundry.github.io/genome_collector/
- Github repo:发布于Githubhttps://github.com/Edinburgh-Genome-Foundry/genome_collector
- 许可证：MIT
- 类似软件：请参阅预先存在的项目ncbi-genome-download和{a6}。相比之下，genomecollector更为固执己见，它首先使用TaxID，并具有按需基因组下载和数据库构建以及Biopython记录加载等功能。在
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