一套分析GDSC数据的工具和管道（cancerrxgene.org）
gdsctools的Python项目详细描述
| Note: | Developed and tested for Python 2.7, 3.5, 3.6 |
|---|---|
| Note: | The GDSCTools libary works for Python 2.7 and 3.X but the standalone pipeline to be ran on cluster works on Python 3.X only (requires Snakemake). |
| Contributions: | Please join https://github.com/CancerRxGene/gdsctools project |
| Documentation: | On ReadTheDocs |
| GitHub: | On github |
概述
肿瘤药物敏感性的基因组学（gdsc）工具包括与http://www.cancerrxgene.org/
快速启动
您需要两个输入矩阵：
- IC50矩阵，宇宙标识符为行，药物为列，
- 以宇宙标识符为行、以特征为列的基因组特征矩阵。
然后，您可以使用独立应用程序分析数据：
gdsctools_anova --input-ic50 ic50.txt --input-features features.txt
或者作为脚本：
from gdsctools import anova, ic50_test an = ANOVA(ic50_test, features_filename) # second arg is optional an.anova_all()
在documentation on ReadThedoc中提供了更多示例。
注意，第一个版本（方差分析）是基于https://github.com/francescojm/FI.GDSC.ANOVA存储库的。新的工具已经添加（基于岭回归，套索，Omnibem工具，…）。
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