基因组接触图可视化分析平台
gcMapExplorer的Python项目详细描述
基因组接触地图浏览器-GCMAPExplorer
它是一个可视化和分析hi-c实验生成的接触图的平台。这个软件包是在考虑到接触图的巨大尺寸和非常精细的分辨率的基础上开发的。它包含
- 图形用户界面-几个类似windows的应用程序来执行任务（见下表）。
- 命令行界面-执行任务的多个命令（见下表）。
- Application Programming Interface -它可以通过编程通过任何数学运算进行分析。
有关详细信息，请访问：gcMapExplorer Homepage
有关讨论和问题，请访问this forum
功能
- 支持大型联系人映射-使用磁盘而不是RAM-矩阵/数组存储在磁盘中- 直接读/写磁盘的数学运算，，而不将它们加载到ram中
- 具有丰富接口的browser 用于比较和交互式可视化二维接触图 使用基因组数据集如由dnase seq、chip seq、rna seq等产生的
- 接触图可以放大/缩小从最佳分辨率到整个染色体级别。
- 为联系人地图定制丰富的色阶可视化
- 保存可视化状态和视图点供以后浏览
- Normalization of contact maps按
- 迭代校正（ic）
- knight ruiz矩阵平衡（kr）
- vanilla覆盖范围（vc）
- 距离频率
- a新文件格式基于genome contact map和genomic track datasets的hdf5。
STR 1 } $便携式/<强>，^ {STR 1 } $平台无关< /强>，可以通过C/C++、Java、Python和R编程语言读取。
- 读取速度非常快-快速浏览联系人地图和基因组数据集
引文
拉詹德拉·库马尔、海瑟姆·索比、佩尔·斯滕伯格和卢德维格·莉莎娜。 Genome Contact Map Explorer - A platform for the comparison, interactive visualization and analysis of genome contact maps.《核酸研究》（2017年）。
接口和命令
使用量
在终端上运行gcMapExplorer命令以获取所有子命令的列表。
提供以下子命令：
| Command | Function |
|---|---|
| browser | Interactive Browser for genomic contact maps |
| cmapImporter | Interface to import contact maps and datasets |
| cmapNormalizer | Interface to normalize contact maps |
| h5Converter | Interface to convert bigWig/wig/bed file to h5 file |
| Command | Function |
|---|---|
| coo2cmap | Import COO sparse matrix format to ccmap or gcmap |
| pairCoo2cmap | Import map from files similar to paired COO format |
| homer2cmap | Import HOMER Hi-C interaction matrix to ccmap or gcmap |
| bc2cmap | Import Bin-Contact format files to ccmap or gcmap |
| hic2gcmap | Import hic to gcmap |
| Command | Function |
|---|---|
| bigwig2h5 | Convert a bigWig file to HDF5 format h5 file |
| wig2h5 | Convert a wig file to HDF5 format h5 file |
| bed2h5 | Convert a bed file to HDF5 format h5 file |
| encode2h5 | Download and convert ENCODE datasets to HDF5 format h5 files |
| Command | Function |
|---|---|
| normKR | Normalization using Knight-Ruiz matrix balancing |
| normVC | Normalization using Vanilla-Coverage method |
| normIC | Normalization using Iterative Correction |
| normMCFS | Scale maps using Median/Mean Contact Frequency |
| Command | Function |
|---|---|
| corrBWcmaps | Calculate correlation between contact maps |
| Command | Function |
|---|---|
| config | To print configuration file and clean scratch directory |
命令帮助
运行gcMapExplorer <sub-commands>-h命令。
- 例如：
- gcMapExplorer normKR -h
- gcMapExplorer coo2cmap -h
欢迎加入QQ群-->： 979659372
