ga4gh.vrs 0.6.0rc0

vrPython

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vrpython为[GA4GH变体提供了python语言支持 表示规范 （VRS）]（https://github.com/ga4gh/vr-spec）。在

此存储库包含几个相关组件：

• ga4生长激素受体包对规范的Python语言支持
• ga4gh.vr.附加功能包Python语言支持 功能性，包括从其他变体到其他变体的转换 格式和类似功能的REST服务。 ga4gh.vr.附加功能需要访问支持数据，如前所述 下面。在
• Jupyter笔记本电脑的功能演示 ga4生长激素受体和ga4gh.vr.附加功能以易读的形式 笔记本电脑。在

安装ga4生长激素受体在

$ pip install ga4gh.vr[extras]

安装ga4的依赖项gh.vr.附加功能在

ga4的gh.vr.附加功能模块本身不是虚拟现实规范的一部分。 它们与ga4捆绑在一起生长激素受体用于开发和安装 方便。这些模块直接和间接地依赖于外部 序列、转录和基因组转录的数据源 对齐。本节推荐一种安装biocommons的方法 提供这些数据的工具。在

$ docker volume create --name=uta_vol
$ docker volume create --name=seqrepo_vol
$ docker-compose -f misc/stack/docker-compose.yml up

这将启动三个容器： *[seqrepo]（https://github.com/biocommons/seqrepo）：序列的非冗余存档 *[seqrepo rest service]（https://github.com/biocommons/seqrepo-rest-service）：seqrepo上的rest服务(本地主机：5000) *[尤塔](https://github.com/biocommons/uta)：转录和对齐数据库(本地主机：5432)在

seqrepo容器将在数据下载后立即退出。在

$ docker ps
CONTAINER ID        IMAGE                                    //  NAMES
86e872ab0c69        biocommons/seqrepo-rest-service:latest   //  stack_seqrepo-rest-service_1
a40576b8cf1f        biocommons/uta:uta_20180821              //  stack_uta_1

运行笔记本电脑

按照上述说明安装后，键入：

$ source venv/3.7/bin/activate
$ jupyter notebook --notebook-dir notebooks/

安全说明（来自GA4GH安全团队）

已经对规范执行了独立的安全审查 本身。此实现按原样提供，没有任何 安全保证。它需要一个独立的安全审查 在它可以被认为可以在安全关键中使用之前 应用。如果你把这些代码集成到你的应用程序中 自行承担风险和责任安排安全审计。在