真核生物基因组注释管道
funannotate的Python项目详细描述
funnotate是一个基因组注释的管道（专门为真菌构建，但也可以用于高等真核生物）。安装、使用和更多信息，请访问http://funannotate.readthedocs.io
快速入门：
管道可与conda一起安装（通过bioconda）：
#add appropriate channels
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
#then create environment
conda create -n funannotate funannotate
如果您想使用GeneMark ES/ET，则需要按照开发人员的说明手动安装： http://topaz.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgi
注意，您将需要更改GeneMark中所有perl脚本的shebang行以使用/usr/bin/env perl。
然后，您还需要将gmes_petap.pl添加到$PATH或将环境变量$GENEMARK_PATH设置为gmes_petap目录。在
要只安装python funnotate包，可以使用pip执行以下操作：
^{pr2}$要在master中安装最新代码，可以运行：
python -m pip install git+https://github.com/nextgenusfs/funannotate.git
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