fslpy 2.5.0

安装

通过pip安装fslpy及其核心依赖项：

pip install fslpy

fslpy也可以在conda-forge：

conda install -c conda-forge fslpy

依赖关系

fslpy的所有核心依赖项都列在 requirements.txt文件。

中列出了一些额外的依赖项 requirements-extra.txt 提供附加功能：

• wxPython：该fsl.utils.idle模块具有 在wxidle循环上调度函数的功能。
• indexed_gzip：类fsl.data.image.Image 可以使用indexed_gzip将大压缩图像保留在磁盘上 把它们解压并加载到内存中。
• trimesh/rtree：这个fsl.data.mesh.TriangleMesh 类有一些方法使用trimesh执行几何查询 在网格上。
• Pillow：类使用fsl.data.bitmap.BitmapPillow加载图像文件。

如果您使用Linux，则需要首先安装wxpython，因为二进制文件是 在PYPI上不可用。像这样安装wxpython，更改 特定平台：

pip install -f https://extras.wxpython.org/wxPython4/extras/linux/gtk2/ubuntu-16.04/ wxpython

安装wxpython后，可以键入以下命令来安装 其他附加依赖项：

pip install fslpy[extras]

测试和文档的依赖关系列在 requirements-dev.txt文件。

文件

fslpy使用sphinx记录。你 可以通过运行：

pip install -r requirements-dev.txt
python setup.py doc

html文档将生成并保存在doc/html/ 目录。

测试

通过以下途径运行测试套件：

pip install -r requirements-dev.txt
python setup.py test

将在report.html生成测试报告，并生成代码覆盖率报告 将在htmlcov/中生成。

贡献

如果您对贡献fslpy感兴趣，请查看 contributing guide。

学分

fsl.data.dicom模块只是一个很薄的 chris rorden的dcm2niix程序的包装。

用于测试的example.mgz文件， 源于nibabel测试数据集。