基于特征的细胞力学基准标记跟踪软件
fm-track的Python项目详细描述
调频音轨
fm-track是一种基于特征的信标跟踪软件，用于细胞力学中的应用。
机械生物学中的研究方法，包括跟踪细胞附近的基准标记的变形，正在日益流行。在这里，我们提出了一个叫做fm-track的软件，这是一个为细胞力学中的应用量身定制的基于特征的粒子跟踪软件。fm轨迹包含图像预处理、基准标记跟踪、简单后处理和可视化等功能。我们期望fm-track将通过提供用python语言编写的简单、可扩展的软件来帮助机械生物学和相关领域的研究人员。
有关更长的描述，请参阅technical overview。
安装
要安装调频音轨，建议在conda环境中使用pip。目前，fm track只与python<；=3.6兼容。要创建兼容的环境，请使用以下命令：
conda create -n <environmentname> python=3.6 anaconda
conda activate <environmentname>
conda install pip
要安装调频音轨，只需使用以下命令：
pip install fm-track
您还可以下载存储库的zip文件，解压缩该文件夹，导航到bash shell中的文件夹，然后运行以下命令：
sudo python setup.py install
用法
fm track使用input_info类存储文件路径，以方便io。要初始化输入信息对象，请将根文件路径传入初始化函数，如下所示：
info=input_info('/Users/<username>/Desktop/data')
在本例中，我们将与位于桌面上的数据文件夹中的数据交互。所有输入和输出文件都将位于此数据目录中。
input_info存储子目录的名称和其他可调参数。默认情况下，input_info对象初始化为使用软件包中提供的示例数据（请参阅本文档的测试部分以获取示例）。要更改这些属性的名称，只需像这样修改对象的属性：
info.num_feat=6
要查看可以更改的所有属性，只需查看input_info.py文件中的内容。
测试
要测试fm磁道，最容易在fm track目录中包含的数据文件夹上运行软件。您可以将这些数据作为.zip文件从github下载，也可以从目录中复制该文件夹。将此数据目录复制到易于访问的测试位置。在修改<；文件路径>；以匹配数据文件夹的路径后，请尝试运行以下代码。
fromfmtrack.input_infoimportinput_infofromfmtrack.run_tracking_all_stepsimportrun_tracking_all_stepsinfo=input_info('<filepath>')run_tracking_all_steps(True,True,True,info)
使用
构建- py-earth-用于计算多元自适应回归样条
- scikit-learn-用于生成高斯过程回归模型
版本控制
我们使用SemVer进行版本控制。
作者
- 艾玛·勒琼
- 亚历克斯•康
贡献者
- 杰克·桑森
许可证
这个项目是在麻省理工学院的许可下授权的-详细信息请参见LICENSE文件
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