epivizFileServer 0.1.2

说明

epiviz文件服务器是一个python库，用于查询基因组文件， 不仅用于可视化，还用于转换。 库提供各种模块来执行各种任务- -读取各种基因组文件格式的解析器， -查询以只访问必需的文件字节， -计算以对数据应用转换， -服务器立即将数据集转换为api和 -形象化。

iPython笔记本中介绍了库及其特性的快速概述 可在-https://epiviz.github.io/post/2019-02-04-epiviz-fileserver/

注

1. 库要求承载数据文件的服务器支持http范围请求，以便文件服务器的解析器模块只能请求处理查询所需的字节范围
2. 该库目前支持索引的基因组文件格式，如bigwig、bigbed、bam（带bai）、sam（带sai）或任何可以使用tabix索引的基因组数据文件。

开发人员注释

此项目是使用Pyscaffold 3.1设置的。详细信息和用法 有关pyscaffold的信息，请参见https://pyscaffold.org/。

使用virtualenv进行测试和开发。 要设置，请从项目目录运行以下命令

virtualenvenv--python=python3sourceenv/bin/activate# (activate.fish if using the fish-shell)pipinstall-rrequirements.txt# to deactivate virtualenvdeactivate

1. 测试-`python setup.py test`
2. 文档-`python setup.py docs`

3. 构建

   • 源分布`python setup.py sdist`
   • 二进制分布`python setup.py bdist`
   • 车轮分布`python setup.py bdist_wheel`