empanada：一种基于证据的亚基因组数据中基因到通路分配的工具
empanada的Python项目详细描述
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empanada文档
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empanada是一个基于证据的亚基因组数据中基因到通路分配的工具，
由华盛顿大学的borenstein小组开发和维护。
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Availability
==
==
==
许可证
==
==说明
==
==
安装的先决条件：
empanada若要成功运行，应在系统上预装以下python模块：
-numpy>；=1.6.1（http://www.numpy.org/）
-pandas>；=0.14（http://pandas.pydata）。org/）
r.gz
下载empanada后，需要解压缩文件。如果您下载了发行版，请使用以下命令执行此操作：
``tar-xzf empanada-0.0.1.tar.gz``
>然后您将更改到新的empanada目录，如下所示：
``cd empanada-0.0.1`
，并使用以下命令安装：
``python setup.py install``
或者，您可以通过运行以下命令直接从pypi安装empanada：
``pip install-u empanada``
=================
======建议通过运行以下命令对其进行测试：
`` test_empanada.py``
这将调用一系列测试。正确的输出应该以：
``在x.xxxxx `` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` `
=====================br=>===================>在x.xxxxx ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` `anada提供了一个接口通过命令行和run-empanada脚本转到empanada功能。
o聚合到路径丰度的丰度文件生成的路径丰度（默认值：out.tab）
**-oc，--output撸counts**，
映射到每个路径的ko数量的输出文件（默认值：counts.tab）
**-om，--output撸u mapping**，
将映射表（给定的或生成的）输出到文件，仅适用于池mappings（默认值：mapping.tab）
**-map{naive，by-support，by-sum，by-avg，by-mapping{u method{naive，by-support，by-sum，by-avg，by-avg，to-mapping kos to-pathway（默认值：naive）
**-compute{sum}，--compute{sum}**
method to从映射的kos计算路径丰度（默认值：sum）
**-阈值，--丰度阈值**
包含kos的丰度阈值（默认值：0.0）
**-分数，--分数-ko贡献**
除以ko贡献，使它们的总和为每个ko的1（默认值：false）
**-从分析中移除没有路径的KO**
从分析中移除没有路径的KO（默认值：false）
**-移除没有路径测量的KO**
n分析的丰度表（默认值：false）
**-转置ko，--转置ko丰度**
转置给定的ko丰度矩阵（默认值：false）
**-转置输出，--转置ko丰度矩阵**
转置输出路径丰度矩阵（默认值：false）
**-转置ko映射**
转置given ko映射，即哪个ko映射到哪个路径进行假设测试（默认值：false）
**-仅使用不重叠的基因**
如果映射是按丰度进行的，则仅使用不重叠的基因（默认值：false）计算路径支持度
**-池样本使用中位数**
如果映射是按丰度进行的，则将池样本合并到使用中间ko丰度，并且只学习一次映射（默认值：false）
**-池样本使用平均值**
如果映射是按丰度的，则使用平均ko丰度将样本聚集在一起，并且只学习一次映射（默认值：false）
**-如果映射是按abunda的，则保留一个ko-out路径支持**
nce，通过从计算中移除每个ko来分别计算路径支持（默认值：false）
**-使用"加权的"double-cun counting计算路径支持**
如果映射是按丰度计算的，则在计算路径支持时（默认值：false）
**-v，--verbose**
增加动词模块的位置（默认值：false）
=
=
示例
=
在*empanada/examples*目录下，文件*simulated ko_relative_ference.tab*包含20个示例的模拟ko丰度测量值。
使用此文件作为empanada的输入将生成以下文件：
-pathway_ference_empanada.tab
使用的命令如下（通过命令行）：
``run_empanada.py-ko examples/simulated_ko_relative_furnity.tab-ko2path data/kovspathway_bacteric_kegg_2013_07_15.tab-o examples/pathway_furnity_empanada.tab-threshold 0-map by_avg_furnity-fraction-leave_one ko_out_pathway_support-use_only_non_overlapping_ge各大名``
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引用信息
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历史记录>
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0.0.1（2016年2月9日）0.0.1（2016年2月9日）0.0.1（2016年2月9日）0.0.1（2016年2月9日）
=======
Empanada（C）2014-2016，华盛顿大学。保留所有权利。
根据以下条款，华盛顿大学（"UW"）、Elhanan Borenstein教授和Ohad Manor（"开发人员"）允许您和您实验室的其他成员保留成员身份（"学术用户"），此类许可仅授予非营利机构的学术用户。n高等教育或非营利研究机构（"大学"），仅使用恩帕纳达，详情如下。恩帕纳达是一个基于证据的工具，用于将基因分配到亚基因组数据中的路径。恩帕纳达受版权保护。国家卫生研究院支持了有关恩帕纳达的工作。UW和开发人员允许学术用户执行、复制和修改Empanada，仅用于内部非盈利学术研究目的，只要学术用户遵守本Empanada软件许可协议的条款：
1。恩帕纳达不用于任何商业目的，也不作为具有商业目的的系统的一部分。恩帕纳达软件保留在您的大学，不发布、分发或以其他方式转让或使用可供非学术用户使用。
2.您不得将Empanada或对Empanada的任何修改分发给任何第三方。
这包括但不限于使用恩帕纳达向外部方提供收费服务。在这种情况下，请联系：
uw comotion
华盛顿大学
4311 11 Ave.NE，
华盛顿州西雅图500号套房，邮编98105-4608
电话：（206）543-3970
电子邮件：license@uw.edu
3。您在恩帕纳达保留UW提供的与恩帕纳达有关的版权、商标、专利或其他通知以及对恩帕纳达的任何修改。
4。贵方承认，开发商、UW及其被许可方可对恩帕纳达进行与贵方对恩帕纳达的修改大致相似的修改，且开发商、UW及其被许可方在UW或其被许可方使用或管理此类修改时，不受贵方任何方式的限制。您承认开发人员和UW有权准备和发布与您的修改和改进大致相似或功能等同的对恩帕纳达的修改，如果您对恩帕纳达的任何修改或改进获得专利保护，您同意不指控或禁止侵犯您的专利开发商、UW或UW的任何被许可人从华盛顿大学或开发商处获得对Empanada的修改或改进。
5.如果使用empanada软件会产生结果并将其发布，则您将指定使用的empanada版本并引用uw开发人员。
6。在您的组织中使用Empanada软件的任何风险都与您和您的组织有关。恩帕纳达在性质上是实验性的，作为研究礼节"按原样"提供，明确表示UW没有义务提供伴随服务或支持。
7.UW和开发人员明确否认任何和所有与软件有关的保证，无论是明示的还是暗示的，包括但不限于与适销性或特定用途适用性有关的保证。
8。本软件许可协议及其授予的所有权利于2020年12月31日终止。终止后，您同意删除原始的恩帕纳达软件、所有副本及其所有修改，以使其不可恢复。
empanada文档
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empanada是一个基于证据的亚基因组数据中基因到通路分配的工具，
由华盛顿大学的borenstein小组开发和维护。
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Availability
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许可证
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安装的先决条件：
empanada若要成功运行，应在系统上预装以下python模块：
-numpy>；=1.6.1（http://www.numpy.org/）
-pandas>；=0.14（http://pandas.pydata）。org/）
r.gz
下载empanada后，需要解压缩文件。如果您下载了发行版，请使用以下命令执行此操作：
``tar-xzf empanada-0.0.1.tar.gz``
>然后您将更改到新的empanada目录，如下所示：
``cd empanada-0.0.1`
，并使用以下命令安装：
``python setup.py install``
或者，您可以通过运行以下命令直接从pypi安装empanada：
``pip install-u empanada``
=================
======建议通过运行以下命令对其进行测试：
`` test_empanada.py``
这将调用一系列测试。正确的输出应该以：
``在x.xxxxx `` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` ` `
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o聚合到路径丰度的丰度文件生成的路径丰度（默认值：out.tab）
**-oc，--output撸counts**，
映射到每个路径的ko数量的输出文件（默认值：counts.tab）
**-om，--output撸u mapping**，
将映射表（给定的或生成的）输出到文件，仅适用于池mappings（默认值：mapping.tab）
**-map{naive，by-support，by-sum，by-avg，by-mapping{u method{naive，by-support，by-sum，by-avg，by-avg，to-mapping kos to-pathway（默认值：naive）
**-compute{sum}，--compute{sum}**
method to从映射的kos计算路径丰度（默认值：sum）
**-阈值，--丰度阈值**
包含kos的丰度阈值（默认值：0.0）
**-分数，--分数-ko贡献**
除以ko贡献，使它们的总和为每个ko的1（默认值：false）
**-从分析中移除没有路径的KO**
从分析中移除没有路径的KO（默认值：false）
**-移除没有路径测量的KO**
n分析的丰度表（默认值：false）
**-转置ko，--转置ko丰度**
转置给定的ko丰度矩阵（默认值：false）
**-转置输出，--转置ko丰度矩阵**
转置输出路径丰度矩阵（默认值：false）
**-转置ko映射**
转置given ko映射，即哪个ko映射到哪个路径进行假设测试（默认值：false）
**-仅使用不重叠的基因**
如果映射是按丰度进行的，则仅使用不重叠的基因（默认值：false）计算路径支持度
**-池样本使用中位数**
如果映射是按丰度进行的，则将池样本合并到使用中间ko丰度，并且只学习一次映射（默认值：false）
**-池样本使用平均值**
如果映射是按丰度的，则使用平均ko丰度将样本聚集在一起，并且只学习一次映射（默认值：false）
**-如果映射是按abunda的，则保留一个ko-out路径支持**
nce，通过从计算中移除每个ko来分别计算路径支持（默认值：false）
**-使用"加权的"double-cun counting计算路径支持**
如果映射是按丰度计算的，则在计算路径支持时（默认值：false）
**-v，--verbose**
增加动词模块的位置（默认值：false）
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示例
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在*empanada/examples*目录下，文件*simulated ko_relative_ference.tab*包含20个示例的模拟ko丰度测量值。
使用此文件作为empanada的输入将生成以下文件：
-pathway_ference_empanada.tab
使用的命令如下（通过命令行）：
``run_empanada.py-ko examples/simulated_ko_relative_furnity.tab-ko2path data/kovspathway_bacteric_kegg_2013_07_15.tab-o examples/pathway_furnity_empanada.tab-threshold 0-map by_avg_furnity-fraction-leave_one ko_out_pathway_support-use_only_non_overlapping_ge各大名``
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引用信息
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历史记录>
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Empanada（C）2014-2016，华盛顿大学。保留所有权利。
根据以下条款，华盛顿大学（"UW"）、Elhanan Borenstein教授和Ohad Manor（"开发人员"）允许您和您实验室的其他成员保留成员身份（"学术用户"），此类许可仅授予非营利机构的学术用户。n高等教育或非营利研究机构（"大学"），仅使用恩帕纳达，详情如下。恩帕纳达是一个基于证据的工具，用于将基因分配到亚基因组数据中的路径。恩帕纳达受版权保护。国家卫生研究院支持了有关恩帕纳达的工作。UW和开发人员允许学术用户执行、复制和修改Empanada，仅用于内部非盈利学术研究目的，只要学术用户遵守本Empanada软件许可协议的条款：
1。恩帕纳达不用于任何商业目的，也不作为具有商业目的的系统的一部分。恩帕纳达软件保留在您的大学，不发布、分发或以其他方式转让或使用可供非学术用户使用。
2.您不得将Empanada或对Empanada的任何修改分发给任何第三方。
这包括但不限于使用恩帕纳达向外部方提供收费服务。在这种情况下，请联系：
uw comotion
华盛顿大学
4311 11 Ave.NE，
华盛顿州西雅图500号套房，邮编98105-4608
电话：（206）543-3970
电子邮件：license@uw.edu
3。您在恩帕纳达保留UW提供的与恩帕纳达有关的版权、商标、专利或其他通知以及对恩帕纳达的任何修改。
4。贵方承认，开发商、UW及其被许可方可对恩帕纳达进行与贵方对恩帕纳达的修改大致相似的修改，且开发商、UW及其被许可方在UW或其被许可方使用或管理此类修改时，不受贵方任何方式的限制。您承认开发人员和UW有权准备和发布与您的修改和改进大致相似或功能等同的对恩帕纳达的修改，如果您对恩帕纳达的任何修改或改进获得专利保护，您同意不指控或禁止侵犯您的专利开发商、UW或UW的任何被许可人从华盛顿大学或开发商处获得对Empanada的修改或改进。
5.如果使用empanada软件会产生结果并将其发布，则您将指定使用的empanada版本并引用uw开发人员。
6。在您的组织中使用Empanada软件的任何风险都与您和您的组织有关。恩帕纳达在性质上是实验性的，作为研究礼节"按原样"提供，明确表示UW没有义务提供伴随服务或支持。
7.UW和开发人员明确否认任何和所有与软件有关的保证，无论是明示的还是暗示的，包括但不限于与适销性或特定用途适用性有关的保证。
8。本软件许可协议及其授予的所有权利于2020年12月31日终止。终止后，您同意删除原始的恩帕纳达软件、所有副本及其所有修改，以使其不可恢复。
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