反冲仿射不变系综mcmc采样
emcee的Python项目详细描述
仿射不变mcmc的python集成采样工具包
emcee是一个稳定的、经过良好测试的python仿射不变量的实现。 马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)的集成采样器 提出的 Goodman & Weare (2010)。 代码是开源的,并且 已经在天体物理学的几个出版项目中使用过 文学。
文档
阅读dan.iel.fm/emcee上的文档。
归因
如果您发现此代码在 研究并将论文添加到the testimonials list。 纸张的bibtex条目是:
@article{emcee, author = {{Foreman-Mackey}, D. and {Hogg}, D.~W. and {Lang}, D. and {Goodman}, J.}, title = {emcee: The MCMC Hammer}, journal = {PASP}, year = 2013, volume = 125, pages = {306-312}, eprint = {1202.3665}, doi = {10.1086/670067} }
许可证
版权所有2010-2016丹福尔曼麦基和贡献者。
emcee是根据mit许可证提供的免费软件。有关详细信息,请参见 许可证文件。
更改日志
2.2.0(2016-07-12)
- 改进的自相关时间计算。
- numpy兼容性问题。
- 修复了ptsampler中不推荐使用的整数除法行为。
2.1.0(2014-05-22)
- 正在删除对acor扩展的依赖。
- 向PTSampler函数添加了参数。
- 为MPI运行添加了自动负载平衡。
- 为MPI和多处理添加了自定义负载平衡。
- 支持^C的新默认多处理池。
2.0.0(2013-11-17)
- 根据mit许可证重新授权!
- 更清晰、更简洁的文档。
- 添加了对参数变为无限或NaN的检查。
- 增加了对数概率变为NaN的检查。
- 改进了PTSampler中的并行化和各种其他调整。
1.2.0(2013-01-30)
- 增加了一个平行回火取样器PTSampler。
- 添加了与MPI一起使用emcee的说明和实用程序。
- 已将flatlnprobability属性添加到EnsembleSampler对象 与flatchain属性保持一致。
- 已更新文档以在PASP中发布。
- 各种错误修复。
1.1.3(2012年11月22日)
- 使包装系统更加健壮,即使没有安装numpy。
1.1.2(2012-08-06)
- 另一个与元数据blob相关的bug修复:final^{tt11}的形状$ 对象不正确,所有条目通常都相同 因为我们需要复制在每个步骤中附加的列表。感谢 去杰奎琳陈(麻省理工)抓住这个问题。
1.1.1(2012-07-30)
- 修复了与元数据blob相关的错误。样本函数正在产生 blobs对象,即使它不是预期的。
1.1.0(2012-07-28)
- 允许lnprobfn返回任意的数据“blob”,以及 对数概率。
- 与Python3兼容(谢谢Alex Conley)!
- 核心代码库中的各种加速和清理。
- 有更好例子和更多讨论的新文档。
1.0.1(2012-03-31)
- 修正了在EnsembleSampler中使用acor的转置错误。
1.0.0(2012-02-15)
- 初次发布。