反冲仿射不变系综mcmc采样

emcee的Python项目详细描述


仿射不变mcmc的python集成采样工具包

http://img.shields.io/travis/dfm/emcee/master.svg?style=flathttp://img.shields.io/pypi/dm/emcee.svg?style=flathttp://img.shields.io/pypi/v/emcee.svg?style=flathttp://img.shields.io/badge/license-MIT-blue.svg?style=flathttp://img.shields.io/badge/arXiv-1202.3665-orange.svg?style=flathttps://codecov.io/gh/dfm/emcee/branch/master/graph/badge.svg

emcee是一个稳定的、经过良好测试的python仿射不变量的实现。 马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)的集成采样器 提出的 Goodman & Weare (2010)。 代码是开源的,并且 已经在天体物理学的几个出版项目中使用过 文学。

文档

阅读dan.iel.fm/emcee上的文档。

归因

如果您发现此代码在 研究并将论文添加到the testimonials list。 纸张的bibtex条目是:

@article{emcee,
   author = {{Foreman-Mackey}, D. and {Hogg}, D.~W. and {Lang}, D. and {Goodman}, J.},
    title = {emcee: The MCMC Hammer},
  journal = {PASP},
     year = 2013,
   volume = 125,
    pages = {306-312},
   eprint = {1202.3665},
      doi = {10.1086/670067}
}

许可证

版权所有2010-2016丹福尔曼麦基和贡献者。

emcee是根据mit许可证提供的免费软件。有关详细信息,请参见 许可证文件。

更改日志

2.2.0(2016-07-12)

  • 改进的自相关时间计算。
  • numpy兼容性问题。
  • 修复了ptsampler中不推荐使用的整数除法行为。

2.1.0(2014-05-22)

  • 正在删除对acor扩展的依赖。
  • PTSampler函数添加了参数。
  • 为MPI运行添加了自动负载平衡。
  • 为MPI和多处理添加了自定义负载平衡。
  • 支持^C的新默认多处理池。

2.0.0(2013-11-17)

  • 根据mit许可证重新授权!
  • 更清晰、更简洁的文档。
  • 添加了对参数变为无限或NaN的检查。
  • 增加了对数概率变为NaN的检查。
  • 改进了PTSampler中的并行化和各种其他调整。

1.2.0(2013-01-30)

  • 增加了一个平行回火取样器PTSampler
  • 添加了与MPI一起使用emcee的说明和实用程序。
  • 已将flatlnprobability属性添加到EnsembleSampler对象 与flatchain属性保持一致。
  • 已更新文档以在PASP中发布。
  • 各种错误修复。

1.1.3(2012年11月22日)

  • 使包装系统更加健壮,即使没有安装numpy。

1.1.2(2012-08-06)

  • 另一个与元数据blob相关的bug修复:final^{tt11}的形状$ 对象不正确,所有条目通常都相同 因为我们需要复制在每个步骤中附加的列表。感谢 去杰奎琳陈(麻省理工)抓住这个问题。

1.1.1(2012-07-30)

  • 修复了与元数据blob相关的错误。样本函数正在产生 blobs对象,即使它不是预期的。

1.1.0(2012-07-28)

  • 允许lnprobfn返回任意的数据“blob”,以及 对数概率。
  • 与Python3兼容(谢谢Alex Conley)!
  • 核心代码库中的各种加速和清理。
  • 有更好例子和更多讨论的新文档。

1.0.1(2012-03-31)

  • 修正了在EnsembleSampler中使用acor的转置错误。

1.0.0(2012-02-15)

  • 初次发布。

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