将embl或genbank格式的flatfiles转换为提交检查表(即用制表符分隔的电子表格),以便通过交互式webin提交系统提交到ena
EMBL2checklists的Python项目详细描述
embl2检查列表
embl2checklist将embl或genbank格式的平面文件转换为可提交的检查表(即,用制表符分隔的电子表格),以便通过交互式的Webin submission system提交给ENA。
输入、输出和先决条件
- input:embl-或genbank格式的平面文件
- output:制表符分隔的电子表格(“清单”)
- 先决条件:输入平面文件必须具有dna标记名(例如,“matk”、“its”)作为任何已定义的关键特征(“gene”、“note”、“product”或“standard”名称)的限定值。
示例用法
在Linux/MacOS上
命令行界面
$ EMBL2checklists_CLI \
-i example/input/example_trnK_matK.embl \
-o example/temp/example_trnK_matK.tsv \
-c trnK_matK \
-e no
图形用户界面
$ EMBL2checklists_GUI
在Windows上
图形用户界面
$ EMBL2checklists_CLI \
-i example/input/example_trnK_matK.embl \
-o example/temp/example_trnK_matK.tsv \
-c trnK_matK \
-e no
$ EMBL2checklists_GUI
在Windows上
图形用户界面
只需双击安装过程中生成的文件EMBL2checklist_GUI.exe
(见下文)。
安装
首先,请确保系统上有Python 2.7 installed。然后:
要获取embl2checklists的最新稳定版本,请运行:
$ pip2 install EMBL2checklists
或者,如果您想获得embl2checklists的最新开发版本,请运行:
$ pip install git+https://github.com/michaelgruenstaeudl/EMBL2checklists.git
更改日志
有关软件最近更改的列表,请参见^{