将embl或genbank格式的flatfiles转换为提交检查表(即用制表符分隔的电子表格),以便通过交互式webin提交系统提交到ena

EMBL2checklists的Python项目详细描述


embl2检查列表

Build StatusBuild StatusPyPI statusPyPI pyversionsPyPI version shields.ioPyPI license

embl2checklist将embl或genbank格式的平面文件转换为可提交的检查表(即,用制表符分隔的电子表格),以便通过交互式的Webin submission system提交给ENA

输入、输出和先决条件

  • input:embl-或genbank格式的平面文件
  • output:制表符分隔的电子表格(“清单”)
  • 先决条件:输入平面文件必须具有dna标记名(例如,“matk”、“its”)作为任何已定义的关键特征(“gene”、“note”、“product”或“standard”名称)的限定值。

示例用法

在Linux/MacOS上

命令行界面
$ EMBL2checklists_CLI \
    -i example/input/example_trnK_matK.embl \
    -o example/temp/example_trnK_matK.tsv \
    -c trnK_matK \
    -e no

图形用户界面
$ EMBL2checklists_GUI

在Windows上

图形用户界面

只需双击安装过程中生成的文件EMBL2checklist_GUI.exe(见下文)。

安装

首先,请确保系统上有Python 2.7 installed。然后:

要获取embl2checklists的最新稳定版本,请运行:

$ pip2 install EMBL2checklists

或者,如果您想获得embl2checklists的最新开发版本,请运行:

$ pip install git+https://github.com/michaelgruenstaeudl/EMBL2checklists.git

更改日志

有关软件最近更改的列表,请参见^{}

欢迎加入QQ群-->: 979659372 Python中文网_新手群

推荐PyPI第三方库


热门话题
如何使用Java确认RabbitMQ消息?   格式化如何在Java中打印小数点后两位的浮点?   php E/JSON解析器:解析数据组织时出错。json。JSONException:java类型的值<br。无法将lang.String转换为JSONObject   java从PaintComponent中访问对象方法   java在自定义集中添加重复项   java how get会话。Mockito中的getAttribute()   java GWT、智能GWT、GWText比较   当有两个安全上下文时,JavaSpring安全性使用了错误的安全上下文   从JAVA文件调用JAVA文件时出现多线程问题   java程序中的客户机-服务器更新程序   不同类的java Log4J记录器   Java编译器错误变量已定义   java计时器和计时器任务周期错误   java如何通过webview将angular 12应用程序加载到Android应用程序中?