基因组工程工具
edge-genome的Python项目详细描述
使用Docker进行尝试
- 使用Docker撰写
docker环境在docker compose.yml中定义。为您的 命令。
启动边缘服务器：
docker-compose up
然后在您的浏览器中查看它：http://localhost:9000/edge//genomes" rel="nofollow">http://localhost:9000/edge//genomes
要导入基因组，请使用：
docker-compose run edge python src/manage.py import_gff 'Saccharomyces cerevisiae' example/sc_s288c.gff
在边缘容器中运行外壳：
docker-compose run --rm edge bash
- 或者，您可以使用 生成文件 ：
makefile保存管理服务器和数据库所需的所有命令，都在 使用和开发。不带参数运行make以查看命令列表。
这些 make 目标可以直接从容器中的shell运行：
you@localhost:edge$ docker-compose run --rm edge bash # Now you're inside the Docker container root@docker-image:/usr/src/edge# make test
此外，任何目标都可以添加 -ext 。以 -ext结尾的命令应该是 从外部对图像运行 ，即从主机系统运行 。
例如，要启动边缘服务器：
make start-ext
运行shell：
make bash-ext
以导入基因组为例：
make add-s288c-ext
如果边缘应用程序已经在容器中运行，或者您还不想重建图像，则 可以将 -ext 更改为 -ext-fast ，它将在没有 正在尝试重建图像。
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