dupliganger 0.98

杜普利格

duplig_nger是一个基于引用、umi感知、5'-修剪感知的pcr副本 拆卸管道。

用法：dupliganger[选项]<；command>；[<；args>；…]

duplig_nger是一个管道。管道的每个阶段通过 “命令”到duplig_nger。命令/管道步骤（按顺序）如下 如下：

remove-umi         1. Annotate read names with UMIs (clip inline UMIs if needed).
remove-adapter     2. Remove adapters ('Cutadapt' wrapper).
qtrim              3. Quality trim ('Trimmomatic' wrapper).
annotate-qtrim     4. Annotates quality trimmed file(s).
align              5. Align reads to a reference genome assembly (performed manually by user).
dedup              6. Use the alignment to remove PCR duplicates.

虽然通常仅由duplig_nger的开发人员使用，“重复数据消除” 命令由以下duplig_nger命令组成，这些命令在 以下顺序：

build-read-db      1. Build a database of aligned reads.
build-location-db  2. Build a database of locations of aligned reads.
build-dup-db       3. Build a database of PCR duplicates.

选项：

-o OUT_DIR      Place results in directory OUT_DIR.
--compress      Compress output.

注意：

duplig_nger支持（和自动检测）gzip的输入fastq文件。

有关特定命令的详细信息，请参阅“duplinger帮助”lt；command>；。

文档

有关duplig_nger的更多信息，请参阅 https://github.com/uoregon-postlethwait/dupliganger

作者

• Jason Sydes-概念设计和软件工程
• Peter Batzel-概念设计
• John H.Postlethwait-项目顾问

资金

duplig_nger由以下赠款资助：

• NIH R01 OD01116-硬骨鱼类基因复制和人类疾病资源
• nih r24 od011199-提高水生模型中转录组学的科学潜力
• nih r24 od018555-开发用于治疗屏幕的水生模型资源
• NSF PLR-1543383-南极鱼类和microRNA的发育和生理控制