制定dna序列的排序和组装计划
DnaWeaver的Python项目详细描述
…原始：：html
<；p align="center">；
<；img alt="DNA编织者徽标"title="DNA编织者徽标" src="https://raw.githubusercontent.com/edinburgh-genome-foundry/dnawaver/master/docs//u static/images/title.png"width="500">；
<；br/>>；
<；p>；
图片：https://travis-ci.org/edinburgh-genome-foundry/dnawaver.svg？branch=master
：目标：https://travis ci.org/edinburgh genome foundry/dnawaver
：alt:travis ci构建状态
…图片：：https://coveralls.io/repos/github/edinburgh-genome-foundry/dnawaver/badge.svg？branch=master
：目标：https://coveralls.io/github/edinburgh-genome-foundry/dnawaver？branch=master
（正在制作文档，稍后再来！）
dnawaver是一个python库，用于寻找组装大型合成dna片段的最佳策略。
）产生或组装DNA的子片段。
应该用于每个装配步骤等。
dnawaver是以通用性和可扩展性为目的编写的：
每个dna源和装配方法都可以定制，并且装配计划可以根据总价格、装配总持续时间、装配或装配进行优化。y成功概率。
dnawaver还可以将结果导出为web应用程序的交互式小部件，并将结果导出为自动化组装平台的json。
/>其中，子片段可从两家公司订购：
-**cheapdna**生产10c/bp的片段，条件是它们不包含任何bsai位点（ggtcc），并且大小在4000bp以下。
-**deluxedna**生产任何3000bp以下的片段，20c/bp。
片段使用gibson程序集进行组装，片段之间有40bp的重叠。
代码：：python
]，
定价=dw.perbasepairpricing（0.10），
Deluxe DNA报价=dw.commercialDNAOffer（
name="deluxeDNA.com"，
序列约束=[dw.sequenceLengthConstraint（最大长度=3000）），
定价=dw.perbasepairpricing（0.20），
装配站=dw.dnaassemblystation（
name="gibson装配站"，
装配方法=dw.gibson assembly method（
悬挑选择器=dw.tm悬挑选择器（最小tm=55，最大tm=70），
最小分段长度=500，
最大分段长度=4000
），
DNA源=[便宜的DNA供应，豪华的DNA供应]，
记录器='bar'，
粗粒度=20，
细粒度=1
序列=dw.随机DNA序列（10000，种子=123）
报价=装配站。获取报价（序列，带组装）y_plan=true）
打印（quote.assembly_step_summary（））
结果：
……代码：：bash
订购计划：
（0，2005）：来自cheapdna.com，价格202.50，交货期10.0
（2005，4020）：来自cheapdna.com，价格205.50，交货期10.0
（4020，6025）：来自deluxedna.com，价格409.00，交货期5.0
（6025，10000）：frcom cheapdna.com，价格399.50，交货期10.0
有关不同来源、多种组装方法和复杂生物约束的更完整示例，请参见示例部分。
：
sudo pip install dnawaver
或者，您可以解压缩文件夹中的源代码，然后键入
：
sudo python setup.py install
还可以安装ncbi blast+包。在ubuntu上：
：：
sudo apt get install ncbi blast+
报表生成需要更多依赖项。安装python依赖项时使用
：
sudo pip install pandas dna_features_viewer weasyprint
在ubuntu上安装非python依赖项，如下所示：
：
sudo apt get installbuild essential python3 dev python3 pip\
python3 cffi libcairo2 libpango-1.0-0libpangocairo-1.0-0\
libgdk-pixbuf2.0-0 libffi dev共享mime信息
license=mit
----
dnachisel是一个开源软件，最初由'zulko<；http://edinburgh genome foundry.github.io/home.html>；编写；https://github.com/zulko>；`
和`在github<；https://github.com/edinburgh genome foundry/dnachisel>；``上发布，获得麻省理工学院许可证（爱丁堡基因组铸造厂）。
欢迎所有人参与！< BR>
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：目标：https://coveralls.io/github/edinburgh-genome-foundry/dnawaver？branch=master
（正在制作文档，稍后再来！）
dnawaver是一个python库，用于寻找组装大型合成dna片段的最佳策略。
）产生或组装DNA的子片段。
应该用于每个装配步骤等。
dnawaver是以通用性和可扩展性为目的编写的：
每个dna源和装配方法都可以定制，并且装配计划可以根据总价格、装配总持续时间、装配或装配进行优化。y成功概率。
dnawaver还可以将结果导出为web应用程序的交互式小部件，并将结果导出为自动化组装平台的json。
/>其中，子片段可从两家公司订购：
-**cheapdna**生产10c/bp的片段，条件是它们不包含任何bsai位点（ggtcc），并且大小在4000bp以下。
-**deluxedna**生产任何3000bp以下的片段，20c/bp。
片段使用gibson程序集进行组装，片段之间有40bp的重叠。
代码：：python
]，
定价=dw.perbasepairpricing（0.10），
Deluxe DNA报价=dw.commercialDNAOffer（
name="deluxeDNA.com"，
序列约束=[dw.sequenceLengthConstraint（最大长度=3000）），
定价=dw.perbasepairpricing（0.20），
装配站=dw.dnaassemblystation（
name="gibson装配站"，
装配方法=dw.gibson assembly method（
悬挑选择器=dw.tm悬挑选择器（最小tm=55，最大tm=70），
最小分段长度=500，
最大分段长度=4000
），
DNA源=[便宜的DNA供应，豪华的DNA供应]，
记录器='bar'，
粗粒度=20，
细粒度=1
序列=dw.随机DNA序列（10000，种子=123）
报价=装配站。获取报价（序列，带组装）y_plan=true）
打印（quote.assembly_step_summary（））
结果：
……代码：：bash
订购计划：
（0，2005）：来自cheapdna.com，价格202.50，交货期10.0
（2005，4020）：来自cheapdna.com，价格205.50，交货期10.0
（4020，6025）：来自deluxedna.com，价格409.00，交货期5.0
（6025，10000）：frcom cheapdna.com，价格399.50，交货期10.0
有关不同来源、多种组装方法和复杂生物约束的更完整示例，请参见示例部分。
：
sudo pip install dnawaver
或者，您可以解压缩文件夹中的源代码，然后键入
：
sudo python setup.py install
还可以安装ncbi blast+包。在ubuntu上：
：：
sudo apt get install ncbi blast+
报表生成需要更多依赖项。安装python依赖项时使用
：
sudo pip install pandas dna_features_viewer weasyprint
在ubuntu上安装非python依赖项，如下所示：
：
sudo apt get installbuild essential python3 dev python3 pip\
python3 cffi libcairo2 libpango-1.0-0libpangocairo-1.0-0\
libgdk-pixbuf2.0-0 libffi dev共享mime信息
license=mit
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dnachisel是一个开源软件，最初由'zulko<；http://edinburgh genome foundry.github.io/home.html>；编写；https://github.com/zulko>；`
和`在github<；https://github.com/edinburgh genome foundry/dnachisel>；``上发布，获得麻省理工学院许可证（爱丁堡基因组铸造厂）。
欢迎所有人参与！< BR>
欢迎加入QQ群-->： 979659372
