分割放大器序列
divide-seq的Python项目详细描述
加入你和_拆分.py在
连接和拆分fastq文件的助手。在
需要Python3.6或更高版本。在
使用
# Linux
## split
python3 join_and_split.py split -m fastq_file
## join
python3 join_and_split.py join -f forward.fastq -r reverse.fastq
# Windows
## split
python join_and_split.py split -m fastq_file
## join
python join_and_split.py join -f forward.fastq -r reverse.fastq
使用-t设置链接器文本，默认情况下程序使用“JOINTEXT”。在
拆分时，“fastq_file”可以是多个文件，请使用“*.fastq”（include 引号）表示当前文件夹中的所有“.fastq”文件。在
在除法.py在
用条形码和底片对不良数据进行划分。在
先决条件
- Python 3.5或更高版本
- 生物赛顿
- 正则表达式
- vsearch（可选）
要安装Biopython和regex，请以管理员身份运行：
pip install biopython regex
变更日志
4.6版
支持不明确的基。在
4.5版
扩展vsearch选项。 提高产量
4.2版
集成vsearch。在
4.0版
使用regex而不是BLAST。更快更容易。在
3.3版
并行版本，使用BLAST。在
v2.1
单核版本。使用爆破。在
v1.0
已弃用。在
结构序列
它可以像这样处理合并的对端序列：
barcode-adapter-primer-sequence-primer-adapter-barcode
或者只处理一个方向：
barcode-adapter-primer-sequence
序列将根据给定的条形码文件被条形码分割。 如果条码错误，哪怕只有一个基地，它将被丢弃。在
适配器
有人在条形码和底漆之间添加了序列，如果您没有它，只需 通过“--adapter 0”将适配器长度设置为零。默认值为14。在
条形码模式
使用“-m”设置条形码模式，如“8*1”，表示长度为5次重复的条形码 只有一次。默认为“5*2”，即5基条码重复两次。在
请注意，正向和反向条形码的顺序可能不同，但它们 应该遵循相同的模式！
严格选项
使用“-s”或“-strict”可使用strict版本。如果设置，程序将检查 头、尾条码是否相等，尾部条码（3’）是否相等 对的。否则，它将只检查序列头（5'）中的条形码。在
条形码文件
条形码文件如下所示：
sample,barcode-f,barcode-r
S0001,ATACG,ATACG
S0002,ATATA,TATAC
S0003,ATACG
...
barcode-f表示5'方向的条形码，barcode-r表示 3'方向。所有序列都应该是forward。在
如果正向条码和反向条码相同，则可以在中省略反向条码 桌子。在
为了避免潜在的错误，请不要在sample info中使用空格。在
注意这里使用^{str1}$English comma分隔两个字段 而不是中文逗号。在
底漆锉
Primer文件如下所示：
gene,forward,reverse
rbcL,ATCGATCGATCGA,TACGTACGTACG
matK,AAAATTTTCCCC,GGGGTTACCAAAA
...
或者：
gene,sequence
rbcL-f,ATCGATCGATCGA
rbcL-r,TACGTACGTACG
您可以使用Microsoft Excel准备这两个文件并保存为CSV格式， 或者使用您喜欢的任何文本编辑器。在
确保不要错过第一行。
在任务.sh在
如果使用PBS任务提交系统，则可以使用此脚本提交 任务，你可以通过flash和join从两个方向的组合序列中完成工作_快速Q.py把他们分开。在
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