deepsmiles,一种适合机器学习的类似于smiles的语法
deepsmiles的Python项目详细描述
这个python模块可以将格式良好的smiles(也就是由一个化学信息工具包编写的)转换为deepsmiles。它还进行反向转换。
使用以下命令安装最新版本:
pip install --upgrade deepsmiles
deepsmiles是一种类似于smiles的语法,适合机器学习。环使用单个符号而不是两个符号表示,而分支不使用匹配的括号,而是使用右括号作为“pop”运算符。
例如,在smiles中苯是c1ccccc1,而在deepsmiles中苯是ccccccc6(其中6表示环的大小)。作为分支示例,smilesc(br)(oc)i可以转换为deepsmilescbr)oc)i。有关详细信息,请参阅相应的预印本。
库的用途如下:
importdeepsmilesprint("DeepSMILES version: %s"%deepsmiles.__version__)converter=deepsmiles.Converter(rings=True,branches=True)print(converter)# record the options usedencoded=converter.encode("c1cccc(C(=O)Cl)c1")print("Encoded: %s"%encoded)try:decoded=converter.decode(encoded)exceptdeepsmiles.DecodeErrorase:decoded=Noneprint("DecodeError! Error message was '%s'"%e.message)ifdecoded:print("Decoded: %s"%decoded)