该死!
dammit的Python项目详细描述
“我喜欢编写blast解析器!“–没有人,从来没有
Dammit是一个简单的从头开始的转录体注释器。它诞生于 观察:注释平淡无奇,烦人;所有单独的片段 这个过程已经存在,并且现有的解决方案过于复杂。 或者依赖于糟糕的非自由软件。
科学不应该为了吮吸而吮吸,所以该死的尝试 让这个过程中糟糕的部分少吸一点。
安装
文档中有完整的说明和解释以及更多的平台选项 website。对于不耐烦的人,这里有一个脱光衣服 向下版本。这些说明假设您安装的是干净的ubuntu 14.04。 Dammit也会在OSX上运行,尽管有些依赖项需要 手动安装,此处不包括。
首先从ubuntu档案中获取软件包:
sudo apt-get update sudo apt-get install python-pip python-dev python-numpy git ruby hmmer unzip \ infernal ncbi-blast+ liburi-escape-xs-perl emboss liburi-perl \ build-essential libsm6 libxrender1 libfontconfig1 \ parallel sudo gem install crb-blast
手动安装一些软件包:
cd curl -LO https://github.com/TransDecoder/TransDecoder/archive/2.0.1.tar.gz tar -xvzf 2.0.1.tar.gz cd TransDecoder-2.0.1; make export PATH=$HOME/TransDecoder-2.0.1:$PATH cd curl -LO http://last.cbrc.jp/last-658.zip unzip last-658.zip cd last-658 make export PATH=$HOME/last-658/src:$PATH export PATH=$HOME/last-658/scripts:$PATH cd curl -LO http://busco.ezlab.org/v1/files/BUSCO_v1.22.tar.gz tar -xvzf BUSCO_v1.22.tar.gz chmod +x BUSCO_v1.22/*.py export PATH=$HOME/BUSCO_v1.22:$PATH cd
要将它们永久添加到您的环境中:
echo 'export PATH=$PATH:$HOME/TransDecoder-2.0.1' >> $HOME/.bashrc echo 'export PATH=$PATH:$HOME/last-658/src' >> $HOME/.bashrc echo 'export PATH=$HOME/BUSCO_v1.22:$PATH' >> $HOME/.bashrc
现在,安装dammit:
sudo pip install -U setuptools sudo pip install dammit
如果不这样做,这将花费一些时间编译和安装panda 已经安装了最新版本;ubuntu 14.04档案中提供的版本有 只是太老了。
开发版本
如果您想要最新的功能(和bug),可以从github安装dammit:
pip install git+https://github.com/camillescott/dammit.git
用法
要检查依赖项,请运行:
dammit dependencies
要检查数据库,请运行:
dammit databases
要下载并安装它们,请运行:
dammit databases --install
要注释您的转录组,最基本的用法是:
dammit annotate <transcriptome_fasta>
这些是非常基本的示例;要获得更详细的描述,请查看 documentation中的相关页。这个 文档描述了如何定制数据库安装位置并利用现有的 数据库。
已知问题
- 在某些系统上,configparser包的安装可能会出错,这将导致 以及要抛出的异常。这可以通过遵循问题33:https://github.com/camillescott/dammit/issues/33的说明来解决。
- 恢复在Busco阶段中断的运行时可能有错误。如果任务失败 继续,删除“该死的结果”文件夹中的busco results文件夹,该文件夹将有一个名称 以run\lt;name>;的形式运行。busco\u results。
- dependencies子命令不搜索所有子依赖项;例如,busco依赖于 浮雕,不搜索。尽管安装说明包括 依赖项,那些courf不阅读说明的用户courf可能会混淆 依赖项被标记为已安装,但仍然不起作用。
- 该死的0.3不支持Busco v2。该死的1.0正在建立2.0支持。
致谢
我从很多渠道得到了意见和建议,包括但不限于:提图斯 布朗,马特·麦克曼内斯,克里斯·哈姆,迈克尔·克鲁索,罗素·内克斯,路易斯·欧文,丽莎·科恩,雪琳 阿瓦德,还有驯服的曼苏尔。
CS由国家卫生研究院国家人类基因组研究所资助 奖励编号:R01HG007513至2016年5月,并得到戈登和贝蒂的支持 授予编号为GBMF4551的摩尔基金会。