以编程方式生成CWL。可用类型:工作流、CommandLineTool和Requirements

cwlgen-kclhi的Python项目详细描述


Python

Build StatuscodecovDocumentation StatusPyPI version

pythoncwlgen是一个用于以编程方式生成CWL的Python库。 支持生成CommandLineTool、工作流和DockerRequirement。 该库同时适用于python2.7.12+和3.6.0。在


通用工作流语言

Common Workflow Language (CWL)是一种描述工作流的语言。 user guide 对其目标进行了温和的解释,但大体上:

  1. 停止为长时间复杂的工作编写bash脚本。在
  2. 把管道带到任何地方(便携性)。在
  3. 执行再现性指南。在

这个python存储库是most类的python包装器(正在工作), 允许您用Python构建工作流的结构,并让这个模块为您生成和导出CWL。在

Nb:这不会为您检查工作流或命令行工具的逻辑。
CWLTool有一个可以使用的--validate模式。在

快速入门指南

您可以使用以下命令通过pip安装python cwlgen:

pip install cwlgen

它是如何工作的?

这个存储库包含许多映射CWL规范的python类(Workflow)| CommandLineTool)。本质上,每个类的初始值设定项都 它期望的属性,它可能是另一个对象。这些类包括相关的docstring 类及其属性的上下文。在

examples/文件夹包含一些简单的示例,但是本质上您只需初始化 正在尝试构建。类的初始值设定项具有它期望的所有属性,这些属性可能是另一个对象。在

创建命令行工具

^{pr2}$

参考文献

CWL是由一个由组织和个人组成的非正式、多供应商工作组开发的 旨在使科学家能够共享数据分析工作流程。 CWL project is on Github。在

已知问题

  • SchemaDefRequirement不会将types子字段解析为特定类型 (InputRecordSchema | InputEnumSchema | InputArraySchema),但将它们保留为一个简单的字典。在

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