未提供项目说明
curatedmetagenomicspipeline的Python项目详细描述
安装
来自PyPi：
pip install curatedmetagenomicspipeline
源代码：
^{pr2}$使用
cmd_pipeline --demo TEST_SAMPLE ERR262957 /output
--demo参数导致使用一个小的demo FASTQ文件和minicchocoplan，以及UniRef数据库（尽管仍然下载ERR262957来测试fasterq-dump
cmd_pipeline MV_FEI4_t1Q14 "SRR4052038" /output
上面的命令从AsnicarF_数据集下载示例MV_FEI4_t1Q14的指定SRR运行。然后对以下对象进行读取处理：
- 使用MetaPhlAn 3.0进行分类分析
- 标记物丰度和存在剖面与物种水平剖面一起计算
- 使用StrainPhlAn 3.0进行应变水平分析（仅完成共识标记步骤）
- 用HUMAnN 3.0进行功能电位分析
- 利用物种相对丰度和CPM对路径和基因家族丰度进行归一化
有关选项和命令的完整列表，请运行cmd_utilities_cli --help和/或cmd_utilities_cli COMMAND --help
- 项目
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