将CSR数据加载到transmart的脚本
csr2transmart的Python项目详细描述
此包包含一个将中心主题注册表数据转换为格式的脚本 可以加载到TranSMART平台， 一个用于转化生物医学研究的开源数据共享和分析平台。
转换的输出是可以加载到 使用transmart-copy工具的transmart数据库。
注：这是一个非常初步的版本，仍在开发中。 可在https://github.com/thehyve/python_csr2transmart/issues报告问题。
安装和使用
要安装csr2transmart，请执行以下操作：
pip install csr2transmart或来源：
git clone https://github.com/thehyve/python_csr2transmart.git
cd python_csr2transmart
pip install .使用量
TOdo:添加示例
python版本
此存储库是用python 3.6版设置的
包管理和依赖项
这个项目使用pip来安装依赖项和包管理。
- 依赖项应添加到安装要求列表中的setup.py中。
测试和代码覆盖率
- 测试位于tests文件夹中。
- tests文件夹包含：
- 测试csr2transmart脚本是否启动（文件：test_csr2transmart）
- 检查代码是否符合python样式指南（pep 8）的测试（文件：test_lint.py）
- 使用的测试框架是PyTest
- 可以使用python setup.py test 运行测试
编码风格惯例和编码质量
- 使用prospector 检查代码样式
- 您可能需要首先运行pip install .[dev]，以安装所需的依赖项
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