基因组相互作用矩阵的稀疏二进制格式
cooler的Python项目详细描述
冷却器
存放hi-c的好地方
Cooler是稀疏、压缩、二进制持久存储format的支持库，也称为Cooler，用于存储基因组相互作用数据，如HI-C接触矩阵。
cooler文件格式是使用HDF5作为容器格式的基因组矩阵数据模型的实现。cooler包包括一组command line tools和一个Python API以便于创建、查询和操作较冷的文件。
开始：
- Install冷却器
- 阅读documentation并查看jupyter笔记本walkthrough。
- cool来自已发布的hi-c数据集的文件可在
ftp://cooler.csail.mit.edu/coolers获得。 - 在4DN data portal上还有更多的multires（mcool）文件可用。
安装
使用pip从pypi安装。
$ pip install cooler
如果您使用的是conda，也可以从bioconda通道安装cooler。
$ conda install -c conda-forge -c bioconda cooler
要求：
- Python2.7/3.4+
- libhdf5和python包
numpy，scipy，pandas，h5py。我们强烈建议使用conda包管理器来安装这样的科学包。要获得它，您可以安装完整的Anacondapython发行版，也可以只安装独立的conda包管理器。
有关详细信息，请参见docs。
贡献
对酷感兴趣吗？太好了！要开始，请查看contributing guide。
引用
Abdennur，N.和Mirny，L.（2019年）。冷却器：可扩展存储hi-c数据和其他基因组标记阵列。生物信息学。doi:10.1093/bioinformatics/btz540。
@article{Cooler2019,author={Abdennur, Nezar and Mirny, Leonid A},title="{Cooler: scalable storage for Hi-C data and other genomically labeled arrays}",journal={Bioinformatics},year={2019},month={07},doi={10.1093/bioinformatics/btz540},url={https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz540},}
许可证
BSD（3条）
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