libclustalo的python包装

clustalo的Python项目详细描述


这只是clustal omega的一个简单的python包装器 (http://www.clustal.org/omega/),在工作台内部使用,但随意打开 消息来源,如果对任何人都有帮助的话。也可通过以下途径获得:

pip install clustalo

需要安装1.2.0版的libclustalo。在Linux上,建议您 自行构建和安装:

cd clustal-omega-1.2.0
./configure --with-pic --with-openmp
make && sudo make install

安装此软件包之前。

对osx的支持还没有完全实现,主要是因为openmp不受支持 叮当作响。Homebrew仍在1.1.0上,因此需要编译和安装 Clustalo 1.2.0您自己(–不带OpenMP)。您还需要修改 setup.py文件,以便在安装时忽略gomp-fopenmp

用法

from clustalo import clustalo
input = {
    'seq1': 'AAATCGGAAA',
    'seq2': 'CGGA'
}
aligned = clustalo(input)
# aligned is a dict of aligned sequences:
#   seq1: AAATCGGAAA
#   seq2: ----CGGA--

目前,假设输入序列没有对齐(即没有 取消分配选项)。请参阅clustalo.clustalo.__doc__或文件clustaslo/clustalo.c 用于文档。

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