CIDC NGS管道输出API
cidc-ngs-pipeline-api的Python项目详细描述
CIDC天然气管道API
概述
该储存库作为CIDC和生物信息学团队之间的接口，以确定与天然气管道相关的规范和文件。在
存储库结构：
.
├── README.md
├── cidc_ngs_pipeline_api
│ ├── output_API.schema.json
│ ├── rna
│ │ ├── rna.md
│ │ ├── rna_config.schema.json
│ │ ├── rna_output_API.json
│ │ └── imgs
│ | └── RIMA.png
│ ├── chips
│ │ ├── chips.md
│ │ ├── chips_output_API.json
│ │ └── imgs
│ | └── chips.png
│ ├── tcr
│ │ ├── tcr.md
│ │ └── imgs
│ | └── TCRseq.png
│ └── wes
│ ├── wes.md
│ ├── wes_config.schema.json
│ ├── wes_output_API.json
│ ├── wes_output_API.py
│ └── imgs
│ └── wes.png
├── tests
│ └── test_apis.py
├── requirements.dev.txt
├── requirements.txt
├── setup.cfg
├── setup.py
└── .travis.yml
cidc_ngs_pipeline_api模块
- 在
output_API.schema.json文件定义了架构结构：filter_group：在分面搜索期间，文件将出现在下面的筛选器。它是GCS-URI的顶层层次结构file_path_template：用于CLI上载的本地文件路径short_description：在文件浏览器中将鼠标悬停在文件名上时显示的说明long_description：在文件文档页上显示更长的描述file_purpose：指定一个标记以在特定的文件浏览器视图配置中显示。允许值：Source view，Analysis view，Clinical view，Miscellaneous
- 在
在每个分析的目录中：
- 在
定义的模式用于在相应的
在< assay >_output_API.json中构造有关管道相关文件的信息。在 - 在
与YAML配置相关的信息（由CIDC生成并用CIMAC id配置以运行管道）在相应的^{
在中描述。在 - 在
与每个管道相关的文档位于相应的
在< assay > .md。在
- 在
- 项目
标签：
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