列出覆盖盲点
cbs的Python项目详细描述
此软件列出给定BAM文件中没有或只有的所有位置 覆盖范围非常有限，并将结果存储在hdf5文件中。
用法
cbs [-h] [--min-cov MIN_COV] files [files ...] output
如果给定多个文件，则指定一个位置为盲点（如果没有文件） 包含至少在此位置的最小覆盖范围。
输出
输出是具有以下结构的hdf5文件。每一条染色体 组被创建，它包含一个名为missing\u cov的数据集。数据集 包含32位整数的元组行，表示第一个盲点和 第一个位置有足够的覆盖范围。
安装
此软件需要python3、samtools、hdf5、numpy和h5py。全Python 可以通过pip安装cbs来安装依赖项：
pip install cbs
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