卡中寻找基因药物关系的实用程序包
card-trick的Python项目详细描述
卡片技巧
一个软件包，从 综合抗药性数据库（卡）https://card.mcmaster.ca/home
代码：https://gitlab.com/cgps/card_trick
安装
此软件包需要python3
pip3 install card-trick
用法
用法：card-trick[-h][-v]{update，search}…
位置参数： {更新，搜索}以下命令可用。类型控制工具 <；command>；-h有关特定命令的详细帮助 更新获取最新卡本体 搜索搜索卡本体
可选参数： -h，帮助显示此帮助消息并退出 -v，--版本显示版本号
更新本体数据库
该软件预装了3.0.0版数据库（2018年10月发布）。
update命令card-trick update将下载数据库的最新版本并将其存储在
.card trick目录中的主目录
搜索本体数据库
这将以tsv（默认）或json格式返回stdout的匹配项。要写入文件，只需将> OUTPUT_FILE附加到命令
用-g参数指定一个完整或部分基因名，以搜索由指定基因授予的抗生素耐药性，例如
card-trick search -g ctx
这将返回以下输出
gene antibiotics
CTX-M-3 cefalotin,ceftazidime,ceftriaxone
CTX-M-15 ceftazidime
CTX-M-27 cefalotin,ceftazidime
CTX-M-55 ceftazidime,ceftriaxone
用-a参数指定抗生素的完整或部分名称，以搜索对指定抗生素产生耐药性的基因
card-trick search -a tigecycline
这将返回以下输出
antibiotic genes
tigecycline AcrAB-TolC,AdeABC,mepA,oqxAB,tet(A),tetX
指定完整的aro术语以搜索与该术语直接相关联的抗生素
card-trick search --aro_name ARO:3003032
这将返回以下输出
aro antibiotics
ARO:3003032 acriflavine,amikacin,chloramphenicol,ciprofloxacin,erythromycin,gentamicin C,meropenem,norfloxacin,ofloxacin,tetracycline,tobramycin
在python脚本或程序中使用
示例
import card_trick
genes_conferring_resistance = card_trick.ontology_functions.search_antibiotics('tigecycline')
antibiotics = card_trick.ontology_functions.search_genes('ctx-m-15')
antibiotics = card_trick.ontology_functions.search_aros('ARO:3003032')
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