16秒推断特征
buty_full的Python项目详细描述
#buty_u full
简介
*buty_u full通过16s推断性状
*输入：otu table（-t）和otu sequence（-s）
*要求：mafft
*可选：fastree
！[alt text]（https://raw.githubusercontent.com/caozhichongchong/butu full/master/methodology.png）
https://anaconda.org/caozhichongchong/buty_full
https://pypi.org/project/buty_full
测试丁基满--test`
2。试试你的数据吧，你的.otu.seqs表。尝试不同的特征（默认为丁酸盐产量）\
预测丁酸盐产量\
“buty廑full-t your.otu.table-s your.otu.seq-rs your.own.reference.16s`
或“buty廑full-t your.otu.table-s your.otu.seq-rs your.own.reference.16s-rt b`
预测硫酸盐还原（正在准备中，还没有）\
“but_full-t your.otu.table-s your.otu.seq-rs your.own.reference.16s-rt s`\
预测硝酸盐还原（正在准备中，还没有）\
“buty_full-t your.otu.table-s your.otu.seq-rs your.own.reference.16s-rt n`
4.使用你自己的特征表-s your.otu.seqs--rs your.own.reference.16s--rt your.own.reference.traits`
*your.own.reference.16s是一个包含你的基因组16s序列的fasta文件。genome_id2\
atgc…
*your.own.reference.trait s是一个元数据，用于判断基因组中是否存在特征（0表示否，1表示是）\
genome_id1 0\
genome_id1 1 1
结果
“bayes”模型的结果目录：
*`filename.infertraits.txt`：otus推断为丁酸生产菌（1.0，0.5）
和非丁酸盐产生菌（0.0）。
*`filename.infertraits.abu`：所有样品中丁酸盐产生菌的总丰度。
*`filename.infertraits.otu`：所有样品中丁酸盐产生菌的otu表。
“过滤的otu”的结果目录：还有树。
\
联系方式：anniz44@mit.edu
简介
*buty_u full通过16s推断性状
*输入：otu table（-t）和otu sequence（-s）
*要求：mafft
*可选：fastree
！[alt text]（https://raw.githubusercontent.com/caozhichongchong/butu full/master/methodology.png）
https://anaconda.org/caozhichongchong/buty_full
https://pypi.org/project/buty_full
测试丁基满--test`
2。试试你的数据吧，你的.otu.seqs表。尝试不同的特征（默认为丁酸盐产量）\
预测丁酸盐产量\
“buty廑full-t your.otu.table-s your.otu.seq-rs your.own.reference.16s`
或“buty廑full-t your.otu.table-s your.otu.seq-rs your.own.reference.16s-rt b`
预测硫酸盐还原（正在准备中，还没有）\
“but_full-t your.otu.table-s your.otu.seq-rs your.own.reference.16s-rt s`\
预测硝酸盐还原（正在准备中，还没有）\
“buty_full-t your.otu.table-s your.otu.seq-rs your.own.reference.16s-rt n`
4.使用你自己的特征表-s your.otu.seqs--rs your.own.reference.16s--rt your.own.reference.traits`
*your.own.reference.16s是一个包含你的基因组16s序列的fasta文件。genome_id2\
atgc…
*your.own.reference.trait s是一个元数据，用于判断基因组中是否存在特征（0表示否，1表示是）\
genome_id1 0\
genome_id1 1 1
结果
“bayes”模型的结果目录：
*`filename.infertraits.txt`：otus推断为丁酸生产菌（1.0，0.5）
和非丁酸盐产生菌（0.0）。
*`filename.infertraits.abu`：所有样品中丁酸盐产生菌的总丰度。
*`filename.infertraits.otu`：所有样品中丁酸盐产生菌的otu表。
“过滤的otu”的结果目录：还有树。
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联系方式：anniz44@mit.edu
欢迎加入QQ群-->： 979659372
