briekit 0.2.2

为什么选择BRIE套件

将一些实用程序函数从BRIE主包移到 工具包是brie-event仅由python 2支持（请参见issue）。 因此，我们在这个包和brie main中保留了一些预处理工具 包可以集中于拼接量化和下游分析。

因此，只能在python 2环境中使用brie kit来完成全部功能。

支持的功能

BRIE工具包通过命令行提供以下功能，这些功能已升级 来自BRIE主程序包：

一。briekit-event：从中的基因注释文件提取剪接事件 gff3/gtf格式。

2.briekit-event-filter：通过设置筛选外显子跳过事件 门槛。

三。briekit-factor：从基因组序列参考中获取基因组特征 以fasta格式归档。

快速启动

安装

brie工具包是在python 2.7环境下开发的，不完全兼容 对于python 3，，请在python2环境中使用它。如果你正在使用 python3在Anaconda3中，您只需使用 python=2.7:

conda create -n briekit python=2.7 numpy=1.13.0

source activate briekit

在Python2环境中，有两种方法可以登录：

• 选项1：输入终端：pip install briekit。如果您想添加-U。 升级早期安装。
• 选项2：下载githubrepository，然后键入python setup.py install

注意，如果您不使用Anaconda并且没有根权限，请添加 --user，以便您可以将其安装到文件夹中。

参数

• 键入命令行briekit-event-h

详细手册

请参阅Wiki文档，了解如何安装、使用和查找注释数据 等

参考文献

黄远华和圭多血气方刚。BRIE: transcriptome-wide splicing quantification in single cells。 基因组生物学，2017；18（1）：123.