相互转换biopython支持的各种文件格式。支持使用jmespath查询记录。
biopython.convert的Python项目详细描述
生物圈转换
相互转换biopython支持的各种文件格式。
支持使用jmespath查询记录。
安装
pip install biopython.convert
或：
conda install biopython.convert
或：
git clone https://github.com/brinkmanlab/BioPython-Convert.git cd BioPython-Convert ./setup.py install
使用
biopython.convert [-s] [-v] [-i] [-q JMESPath] input_file input_type output_file output_type
-s Split records into seperate files
-q JMESPath to select records. Must return list of SeqIO records or mappings. Root is list of input SeqIO records.
-i Print out details of records during conversion
-v Print version and exit
- 支持的格式
- ABI、ABI Trim、ACE、CIF Atom、CIF Seqres、Clustal、EMBL、FASTA、FASTA-2线路、FASTQ Sanger、FASTQ， fastq solexa、fastq illumina、genbank、gb、ig、imgt、nexus、pdb seqres、pdb atom、博士、phylip、pir、seqxml， SFF，SFF装饰，斯德哥尔摩，瑞士，TAB，QUAL，Uniprot XML，gff3
JMESPath
查询的根节点是SeqRecord对象的列表。查询可以返回一个包含这些或 一种映射，键入seqrecord对象的constructor parameters。
- 示例：
附加新记录：
[@, [{`seq`: `AAAA`, `name`: `my_new_record`}]] | []过滤掉任何质粒：
[?!(features[?type==`source`].qualifiers.plasmid)]
只保留第一条记录：
[0]
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