代谢组学数据聚类和树状图绘制软件包
BioDendro的Python项目详细描述
生物树突
a包，用于对代谢组学数据进行聚类，并绘制树状图
背景
- 项目负责人：凯瑟琳·罗林森（博士生）
- 电子邮件：catherine.rawlinson@postgrad.curtin.edu.au
将MGF格式和组件列表转换为非冗余列表。 将组分分析物列表转换为数据矩阵，对分析物进行动态组合和聚类。
从bash在linux或mac上安装
使用pip安装最简单。 假设您安装了python3，那么可以运行以下命令进行安装。
python3 -m pip install --user biodendro # or git clone git@github.com:CurtinIC/BioDendro.git &&cd BioDendro python3 -m pip install --user biodendro
--user标志告诉pip安装到用户目录而不是系统目录。
对于Mac和Linux，这通常在~/.local下。
如果是这种情况，请确保将~/.local/bin添加到$PATH中。
对于更高级的用户，我们建议使用virtual environment或conda environment。
要以根用户身份安装，可以省略--user，但通常不建议这样做。
sudo python3 -m pip install biodendro
要安装最新和最好的版本，可以使用git，直接从存储库安装。
python3 -m pip install --user git+https://github.com/CurtinIC/BioDendro.git # or git clone git@github.com:CurtinIC/BioDendro.git &&cd BioDendro python3 -m pip install --user .
BioDendro脚本和python包现在都可以使用（假设python配置正确）。
快速入门示例-命令行
最快的运行方式是使用命令行界面。
可以使用--help标志获得选项列表。
BioDendro --help
要使用示例mgf和组件文件运行基本管道，请执行以下操作：
BioDendro --results-dir my_results_dir MSMS.mgf component_list.txt
快速入门示例-python库
管道也可用作python函数/库。 上面的命令相当于python中的以下命令。
importBioDendrotree=BioDendro.pipeline("MSMS.mgf","component_list.txt",results_dir="my_results_dir")
从那里您可以分析存储在tree中的结果。
jupyter笔记本的例子包含了对不同参数的更详细的解释。
quick-start-example.ipynb包含有关运行管道的基本信息。
longer-example.ipynb包含有关管道如何工作以及如何修改参数的更详细信息。
命令行api
管道也可以从bash或类似bash的终端运行。 如果您不打算对参数进行太多调整，而只想运行该死的东西，那么这非常有用。
对于这些示例，我们使用ipython magic命令%%bash在bash中运行这些命令。
如果在终端中直接运行，则可以省略%%bash位。
要获取所有可用选项的列表，请使用--help（或-h）标志。
%%bash BioDendro --help
运行管道的最小选项是mgf文件和组件列表。
使用biodendro repo中的示例数据，我们可以运行…
%%bash BioDendro MSMS.mgf component_list.txt
与以前一样，结果将存储在一个目录中，当前日期和当前时间将添加到该目录的末尾。
您可以通过提供额外的标志来更改要使用的参数，但是，这将再次运行整个管道，因此您只需要调整截止值或决定使用braycurtis而不是jaccard距离，最好使用python api。
%%bash
BioDendro --scaling --cluster-method braycurtis --cutoff 0.5 MSMS.mgf component_list.txt
相当于在python中运行以下命令
tree=BioDendro.pipeline("MSMS.mgf","component_list.txt",clustering_method="braycurtis",scaling=True,cutoff=0.5)
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