bcbio监视器是bcbio nextgen的扩展，用于可视化其进展
bcbio_monitor的Python项目详细描述
<；a href=“https://github.com/guillermo carrasco/bcbio nextgen monitor”>；
<；img width=“370”height=“200”src=“artwork/logo letters.png”/>；
<；/a>；
<；
！[PYPI版本]（https://badge.fury.io/py/bcbio_monitor.svg）（https://badge.fury.io/py/bcbio_monitor）
[！[Bioconda徽章]（https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg？style=flat square）（http://bioconda.github.io）
！[截图]（docs/images/monitor.png）这是什么？
[bcbio nextgen][bcbio]是一个python工具包，为全自动高通量测序分析提供最佳实践管道。
**bcbio monitor**是一个独立的web应用程序，用于跟踪“bcbcbcio nextgen”分析。
您只需告诉“bcbio monitor”[bcbio nextgen debug.log][bcbio logging]在哪里（在您的本地计算机上或远程服务器上），它就能完成工作。
**有关bcbio monitor**的技术概述，请阅读[此][技术文章]博客文章。
https://raw.githubusercontent.com/guillermo carrasco/bcbio nextgen monitor/master/tests/data/bcbio nextgen debug.log
bcbio-nextgen-debug.log--title“test bcbio monitor”
https://raw.githubusercontent.com/guillermo carrasco/bcbio nextgen monitor/master/tests/data/bcbio nextgen debug.log
bcbio_monitor bcbio-nextgen-debug.log--title“test bcbio monitor”
run`bcbio_monitor-h`以获取有关用法的信息。如果有不清楚的地方，请不要犹豫[打开问题][问题]。
bcbio monitor希望[yaml][yaml]格式的配置文件位于`~/.bcbio/monitor.yaml`。您可能需要考虑两个主要部分，分别是
“flask”和“remote”。
*在“server”部分，您可以为运行服务器的flask应用程序设置[配置参数][flask配置]。
*在“remote”服务器中，您可以为要读取的日志文件所在的计算机指定连接参数。**注意**如果本节缺失，bcbio monitor将尝试在本地读取
日志文件（这对于完成的分析也很有用）。
配置文件的一个工作示例如下：
``yaml
服务器：
服务器名：localhost:5000；这是将为bcbio监视器提供服务的地址
调试：false
远程：
主机：<；remote hostname>；
端口：<；ssh port>；可选的
用户名：<；remote username>；
密码：<；remote user password>；可选的
`````
您还可以通过在同一配置文件中添加相应的节来修改日志记录级别：
``yaml
日志：
级别：info或warn，错误，调试
```
logging level默认为“info”。
[bcbio]：https://bcbio nextgen.readthedocs.org/en/latest/
[bcbio logging]：https://bcbio nextgen.readthedocs.org/en/latest/contents/testing.html\logging
[tech post]：http://mussol.org/2015/11/bcbio monitor/
[issue]：https://github.com/guillermo-carrasco/bcbio-nextgen-monitor/issues/new
[yaml]：http://yaml.org/
[flask-config]：http://flask.pocoo.org/docs/0.10/config/\builtin-configuration-values
[conda]：http://docs.continuum.io/anaconda/index
欢迎加入QQ群-->： 979659372
